Bi3307 Aktuální trendy v analýze tvaru a obrazu v antropologii

Přírodovědecká fakulta
jaro 2009
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Petra Urbanová, Ph.D. (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D.
Ústav antropologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Miroslav Králík, Ph.D.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Hlavním cílem kurzu je prakticky procvičit práci s 2D a 3D digitizéry (tpsDig, MicroScribe), programy pro analýzu obrazu (SigmaScan) a programy pro analýzu tvaru (TPS, Morphologica, Past, Shape, EFAWin). Na konci kurzu bude schopen: digitalizovat kosti a části těla živého člověka; analyzovat tvar metodami geometrické morfometrie; používat histomorfometrické metody; znát základy pokročilých metod.
Osnova
  • 1. Historie a přehled současných prostředků morfometrie v antropologii.
  • 2. Digitalizace kostí a částí těla živého člověka do formy kartézských souřadnic význačných bodů a křivek pomocí 2D a 3D digitizérů.
  • 3. Analýza tvaru metodami geometrické morfometrie (Prokrustovská superimpozice, Thin Plate Spline, Partial Warps, eliptická Fourierova analýza), vizualizace a hodnocení tvarových rozdílů.
  • 4. Možnosti a současné trendy histomorfometrie a kosterní antropologie. Praktické cvičení histomorfometrických metod na kostech a zubech pro rozpoznání biologického původu kosti a pro odhad dožitého věku jedince: tradiční metrické postupy (délkové míry, indexy, obsahy).
  • 5. Nástin možností aplikace pokročilých metod: (eliptická Fourierova analýza, Eigenshape analysis, vlnková analýza.)
Literatura
  • Software: TPS, Rhinoceros, Morphologica, EFAWin, Shape, SigmaScan, Statistica, Photoshop, Photopaint, Past.
  • Bookstein, F. L. (1991): Morphometric tools for landmark data: geometry and biology. Cambridge Univ. Press: New York.
  • Zelditch, M. L., D. L. Swiderski, H. D. Sheets, and W. L. Fink. (2004): Geometric Morphometrics for biologists: a primer. Elsevier Academic Press: London.
  • Kilian J., Šídlo R., Merglová V. (1981): K problematice určování stáří jedince podle chrupu. Soudní lékařství 26: 33-42, 49-54, 55-59.
  • URBANOVÁ, Petra a Vladimír NOVOTNÝ. Distinguishing between Human and Non-human bones: Histometric metod for forensic antropology. Anthropologie. 2005, XLIII, č. 1, s. 77-85, 8 s. ISSN 0323-1119. info
  • VYSTRČILOVÁ, Michaela a Vladimír NOVOTNÝ. Estimation of age at death using teeth. Variability and Evolution. Poznań: Adam Mickiewicz University, Faculty of Biology, Institute of Anthropology, 2000, č. 8, s. 39-49. ISSN 0860-7907. info
  • Kuhl, F.P. - Giardina, C.R. (1982): Elliptic Fourier Features of a Closed Contour. Computer Graphics and Image Processing 18: 236 - 258.
  • Iwata, H. - Ukai, Y. (2002): SHAPE: A Computer Program Package for Quantitative Evaluation of Biological Shapes Based on Elliptic Fourier Descriptors. The Journal of Heredity 93: 384 - 385.
  • Lestrel, P. E. - Cesar - Jr., R. M. - Takahashi, O. - Kanazawa, E. (2004): A Fourier-wavelet representation of 2-D-shapes: sexual dimorphism in the Japanese cranial base. Anthropological Science 112/1: 3 - 28.
Metody hodnocení
Blokové cvičení pro omezený počet vážných zájemců z řad DSP studentů antropologie, ve výjimečných případech i z jiných oborů (po předchozí domluvě). Počet účastníků je omezen technickým vybavením. Ukončení zápočtem po diskusi nad laboratorním protokolem.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, podzim 2018, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022, jaro 2023, jaro 2024, jaro 2025.