S1006 Bioinformatics - Sequence and Structure Analysis

Přírodovědecká fakulta
jaro 2015
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
dr Hedvig Hegyi, PhD. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Vladimír Sklenář, DrSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
- A proper understanding of English - A sufficient knowledge of a Unix-like operating system
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
- Understand and learn the basic concepts in bioinformatics
- Understand DNA and protein sequences, genomes and proteomes
- Be able to carry out database searches using the BLAST programs
- Be able to do sequence analysis on their own, using the Clustalw/Muscle programs
- Find the domain composition of a protein sequence
- Determine the intrinsic disorder of a protein
Osnova
  • Sequence databases, DNA and protein sequences, database searches
  • - historical overview, the first databases of protein and DNA sequences
  • - sequence retrieval using NCBI's Entrez
  • - fully sequenced genomes in the three kingdoms of life
  • - genomes and genome browsers
  • - fast database searches: FastA & the BLAST programs
  • Sequence analysis, pairwise and multiple sequence alignments
  • - pairwise alignments, global and local
  • - basic algorithms: Needleman-Wunch, Smith-Waterman
  • - the purpose of sequence alignments: structural, functional, evolutionary information
  • - multiple alignment programs, clustalw & muscle
  • - evolutionary trees
  • - orthologs and paralogs
  • Protein structure, structural databases, protein structure prediction
  • - The Protein Data Bank
  • - Protein structure prediction from sequence, the CASP experiments
  • - Secondary Structure analysis
  • Protein domains, protein classification systems, protein stability, alternative splicing
  • - globular domains
  • - structural classification of proteins, SCOP & CATH
  • - Alternative splicing and protein structure stability
  • Intrinsic protein disorder, prediction and functional aspects
  • - Discovery of protein disorder
  • - Predicting disorder from sequence
  • - Protein disorder in alternative splicing & cancer
  • - Organism complexity and protein disorder
  • - Functional advantages of disorder
Literatura
    doporučená literatura
  • MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121. info
Vyučovací jazyk
Angličtina
Informace učitele
this subject is not going to be lectured during spring 2015
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012 - akreditace, jaro 2016.