S1007 Doing structural biology with the electron microscope

Přírodovědecká fakulta
jaro 2015
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
RNDr. Daniel Němeček, Ph.D. (přednášející)
Dr. rer. nat. Jürgen Plitzko (přednášející)
Dr. Tanvir Shaikh (přednášející)
Garance
Dr. rer. nat. Jürgen Plitzko
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 14:00–15:50 E35/211
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Introduction to Structural Biology with the Electron Microscope
Fundamentals of Electron Microscopy - electron optics/electron diffraction
Contrast and Image Formation in the Electron Microscope
Sample Preparation for TEM
3D Reconstruction and Image Processing
Electron Tomography
Single-Particle Analysis
Osnova
  • The course will cover preparation methods for electron microscopy with a focus on preserving native structures (purified and isolated molecules cells and tissue) within the high vacuum of the electron microscope. Hardware and software requirements to do imaging with the electron microscope for structural and molecular biology and computational tools and image processing methods to extract three-dimensional (3DEM) information from electron micrographs. Additional topics include correlative methods to image biological structures on different length scales, e.g. light and fluorescence microscopy and X-ray imaging and tomography.
Literatura
    doporučená literatura
  • Grant Jensen Methods in Enzymology, Volume 481: Cryo-EM, Part A: Sample Preparation and Data Collection
  • Grant Jensen Methods in Enzymology, Volume 481: Cryo-EM, Part B: 3-D Reconstruction'
  • Joachim Frank, 'Electron Tomography: Methods for Three-Dimensional Visualization of Structures in the Cell'
  • Three-dimensional electron microscopy of macromolecular assembliesvisualization of biological molecules in their native state. Edited by J. Frank. 2nd ed. New York: Oxford University Press, 2006, xiv, 410 p. ISBN 0195182189. info
Výukové metody
lectures
Metody hodnocení
exam
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2012 - akreditace, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018.