Bi8312 Praktikum z molekulární biologie virů

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
0/2/0. 2 kr. Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Tibor Botka, Ph.D. (cvičící)
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc. (cvičící)
Garance
doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Vladislava Růžičková, CSc.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh seminárních/paralelních skupin
Bi8312/B1: Po 14. 6. 8:00–12:00 E25/119, Út 15. 6. 8:00–12:00 E25/119, St 16. 6. 8:00–12:00 E25/119, Čt 17. 6. 8:00–12:00 E25/119
Bi8312/B2: Po 21. 6. 8:00–12:00 E25/119, Út 22. 6. 8:00–12:00 E25/119, St 23. 6. 8:00–12:00 E25/119, Čt 24. 6. 8:00–12:00 E25/119
Předpoklady
Bi6400 Metody molekulární biologie
1. Základní metody molekulární biologie; 2. Molekulární biologie DNA a RNA virů; 3. Životní cyklus a reprodukce genomů bakteriálních virů.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 15 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 17/15, pouze zareg.: 0/15
Jiné omezení: Prosíme striktně o dodržování limitu počtu studentů
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Předmět zahrnuje techniky přípravy a kultivace bakteriálních virů: Přípravy fágového lyzátu; Stanovení titru virionů; Stanovení jednostupňové růstové křivky a fágového výnosu pomocí kvantitativní PCR; Stanovení mutačního indexu; Indukce profága mitomycinem C; Izolace spontánních mutant kayvirů na rezistentních kmenech Staphylococcus aureus; komparativní analýza změn ve virovém genomu pomocí PCR, sekvenování a bioinformatické analýzy; Purifikace a zakoncentrování virových částic. Po absolvování tohoto kurzu student získá ucelenou představu o průběhu experimentů, od získání vstupního materiálu až po analýzu a interpretaci získaných experimentálních dat.
Výstupy z učení
Student bude po absolvování předmětu schopen:
• izolovat virové částice a DNA v dostatečné kvalitě a množství
• analyzovat izolovaný genetický materiál molekulárně biologickými metodami, jako je PCR, qPCR, ELFO, sekvenace DNA, a také pomocí bioinformatických nástrojů
• izolovat a vytvořit lyzát spontánní virové mutanty schopné lyzovat dosud rezistentní bakteriální kmen
• pozorovat a porovnat růstové vlastnosti bakteriálního viru
• pozorovat a porovnat růstové vlastnosti lyzogenního kmene v závislosti na typu profága a použitém režimu jeho indukce
• využít teoretické znalosti dalších metod a principů v následné laboratorní praxi
Osnova
  • 1. Izolace spontánních mutant bakteriálních virů, stanovení frekvence mutace a sekvenční analýza 2. Stanovení citlivosti kmenů Staphylococcus aureus k mutantám polyvalentního kayviru 3. Jednostupňová růstová křivka a adsorpční křivka stafylokokového viru 812 a jeho mutant, stanovení fágového výnosu pomocí qPCR 4. Pozorování růstových vlastností lyzogenních bakterií s využitím spektrofotometru, indukce mitomycinem C a izolace rezidentních bakteriálních virů 5. Purifikace virových částic různými ultrafiltračními technikami
Literatura
  • Návody k cvičení jsou u vyučující
  • Virology methods manual. Edited by B. W. J. Mahy - Hillar O. Kangro. London: Academic Press, 1996. x, 374. ISBN 0124653308. info
  • SAMBROOK, J., E.F. FRITSCH a T. MANIATIS. Molecular Cloning. A laboratory Manual. Second Edition. Cold Spring Harbor: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1989. ISBN 0-87969-309-6. info
  • ROSYPAL, Stanislav. Obecná bakteriologie. 1. vyd. Praha: Státní pedagogické nakladatelství, 1981. 749 s. info
Výukové metody
Výuka probíhá formou blokového cvičení. Studenti provádějí laboratorní experimenty v jednotlivých úlohách, seřazených dle osnovy předmětu. Podklady a návody jsou pro studenty vyvěšeny ve studijních materiálech na Isu.
Metody hodnocení
Pro získání zápočtu je nutné absolvování všech laboratorních úloh, zápočtového testu a odevzdání všech protokolů.
Informace učitele
Studenti by měli svojí účastí zvládnout zadané úlohy. Průběžně je hodnocena praktická dovednost posluchačů, schopnost vyhodnotit výsledky zdůvodnit případné negativní výsledky, vypracovat protokoly z provedených úkolů a absolvovat závěrečný test.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2003, jaro 2004, jaro 2005, jaro 2006, jaro 2007, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2022.