Bi9310 Úvod do kvantitativní RT-PCR

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
2/0/0. v týdenním bloku. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Sabina Ševčíková, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Bi4035 Molekulární biologie - lab.cv. || Bi4020c Molekulární biologie - cv.
Základní přehled v oboru molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.
Mateřské obory/plány
předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cíle kurzu:
porozumět principům PCR a real-time PCR
navrhnout a provést úplný real-time PCR experiment
porozumět struktuře fluoroforů a sond využívaných v real-time PCR
analyzovat a vyhodnotit data pocházející z absolutní i relativní kvantifikace, SNP analýzy i High Resolution Melting Analýzy
Výstupy z učení
Po dokončení kurzu bude student rozumět principům PCR a real-time PCR; bude schopen navrhnout a provést úplný real-time PCR experiment, včetně všech kontrol; bude mít přehled o struktuře fluoroforů a sondách využívaných v této technice a dokáže analyzovat a vyhodnocovat data získaná z absolutní i relativní kvantifikace, SNP analýzy i high resolution melting analýzy.
Osnova
  • Teorie PCR
  • Semikvantitativní a real-time PCR
  • Průběh reakce, end-point vs. real-time přístup
  • Absolutní a relativní kvantifikace a jejich modifikace
  • Vstupní materiál a jeho kvalita, reverzní transkripce
  • Faktory ovlivňují PCR, normalizace experimentálního designu a dat, kalibrační křivky, účinnost PCR, návrh vlastních kontrolních experimentů
  • Principy detekce
  • Reportérové fluorochromy, zhášeče, struktura sond
  • Design primerů a sond
  • Obecné aplikace real-time PCR
  • Návrh experimentu, kontroly, endogenní kontroly, správná laboratorní praxe v PCR (RNA) laboratoři
  • Interpretace dat získaných z absolutní a relativní kvantifikace, SNP, +/- analýz.
  • Standardy MIQE (Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments (MIQE) guidelines)
Literatura
  • Real-time PCR. Edited by M. Tevfik Dorak. New York, N.Y.: Taylor & Francis, 2006. xxvi, 333. ISBN 041537734X. info
  • A-Z of quantitative PCR. Edited by Stephen A. Bustin. La Jolla, Calif.: International University Line, 2004. xxix, 882. ISBN 0963681788. info
Výukové metody
přednášky
Metody hodnocení
Přednášky
Ukončení: závěrečný test
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2021/Bi9310