C9926 Problémy molekulových simulací

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Robert Vácha, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 1. 3. až Pá 14. 5. Po 15:00–16:50 C04/211
Předpoklady
C7790 Počítač.chemie a MM I
Frequent use of software for molecular modelling
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 10 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 2/10, pouze zareg.: 0/10, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/10
Cíle předmětu
The course is focused on issues (limitations, errors, and artifacts), which has been observed and documented in molecular simulations. The main objective of the course is to provide the students with the ability to:
- learn from the mistakes of others
- understand limitations and errors of parameterizations and simulation conditions
- apply the obtained knowledge to analysis of molecular simulations
Výstupy z učení
Student will be able to:
- understand the origin of the issues of molecular simulations
- analyze simulations for existence of the issues
- identify conditions where the issues can be expected
- learn from the previous mistakes
Osnova
  • 1. Thermostats - flying ice cube; Equipartition theorem; hot solvent cold solute; stochastic thermostats and dynamics

    2. Long range interactions - cut off; charge neutrality of the system; dipole in the system

    3. Forcefiled - parametrisation; mixing rules; polarization catastrophe; implicit solvent

    4. External field - perpetum mobile

  • 1. Termostaty - letící ledová kostka (Flying ice cube); Zachování ekvipartičního teorému; oddělené termostaty pro různé částí systému; stochastické termostaty a dynamika

    2. Dalekodosahové interakce - cut off; elektroneutralita systému; dipól v boxu

    3. Forcefield - parametrizace; různá mixovací pravidla; polarizační katastrofa; implicitní solvent

    4. Externí pole - elektrické perpetum mobile

Literatura
  • Molecular Dynamics Simulations of Lipid Bilayers: Major Artifacts Due to Truncating Electrostatic Interactions; DOI: 10.1016/S0006-3495(03)75094-2
  • The good, the bad and the user in soft matter simulations; DOI: 10.1016/j.bbamem.2016.02.004
Výukové metody
Study of the provided literature, presentation and discussion of the issues at the classes
Metody hodnocení
For successful completion is required: attendance at least 80%, active participation in all discussions, presentation of at least two issues and being able to answer the given questions
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
S.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2017, jaro 2019, jaro 2022, jaro 2025.