PřF:C2138 Pokročilá bioinformatika - Informace o předmětu
C2138 Pokročilá bioinformatika
Přírodovědecká fakultajaro 2026
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně - Vyučující
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Petr Kulhánek, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (přednášející)
Mgr. David Novák (přednášející)
Mgr. Marek Šebesta, Ph.D. (přednášející) - Garance
- prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta - Rozvrh
- Po 16. 2. až Pá 22. 5. Po 15:00–16:50 C04/118
- Předpoklady
- C2135 Bioinformatika v praxi && NOW( C2139 Pokročilá bioinformatika - seminář )
C2130 Úvod do chemoinformatiky a bioinformatiky C2135 - Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- Bioinformatika (program PřF, N-BIC)
- Bioinformatika (program PřF, N-BINF)
- Biomedicínská bioinformatika (program PřF, N-MBB)
- Anotace
- Cílem předmětu je naučit studenta:
pochopit a vysvětlit základní termíny v oblasti bioinformatiky;
porovnávat rozsáhlé databáze sekvencí a extrahovat potřebná data;
predikovat sekundární a terciární struktury proteinů a nukleových kyselin;
předpovídat postranslační modifikace - Výstupy z učení
- Na konci kurzu student získá: 1) Základní bioinformatické znalosti a dovednosti. Student bude schopen: 1) Zpracovávat bioinformatická data. 2) Predikovat základní vlastnosti biomakromolekul. 3) Využívat bioinformatické nástroje na řešení biologických problémů.
- Klíčová témata
- 1) Shrnutí základních bioinformatických metod a nástrojů pro studium proteinů.
2) Shrnutí základních bioinformatických metod a nástrojů pro studium nukleových kyselin a sacharidů.
3) Studium exprese genů pomocí bioinfomatiky. Predikce promotorů, nekódující úseky nukleových kyselin, transkripční faktory.
4) Zpracování sekvenačních výstupů.
5) Anotace genomů. Automatická anotace, její správnost, zdroje chyb.
6) Fylogenetická analýza, fylogenetické stromy, principy.
7) Posttranslační modifikace a jejich význam. Predikční algoritmy.
8) Bioinformatický potenciál sacharidů, glykom.
9) Protein data bank (PDB) , validace 3D struktur, zdroje chybných strukturních dat.
10) Predikční nástroje pro nukleové kyseliny. 2D, 3D struktura, repetice, význam.
11) Alignment metabolických drah, metabolom.
12) Virtuální screening v bioinformatice, specifika databází, vazebná místa proteinů. - Studijní zdroje a literatura
- HODGMAN, T. Charlie; Andrew FRENCH a David R. WESTHEAD. Bioinformatics. 2nd ed. Milton Park, Abingdon: Taylor & Francis, 2010, x, 340. ISBN 9780415394949. info
- ZVELEBIL, Marketa J. a Jeremy O. BAUM. Understanding bioinformatics. New York, N.Y.: Garland Science, 2008, xxiii, 772. ISBN 9780815340249. info
- MOUNT, David W. Bioinformatics : sequence and genome analysis. 2nd ed. Cold Spring Harbor, N.Y.: Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004, xii, 692. ISBN 0879697121. info
- Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
- přednášky s praktickými demonstracemi
- Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
- písemný test
- Navazující předměty
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
- Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
- Statistika zápisu (nejnovější)
- Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2026/C2138