B7201 Praktikum základů genomiky

Přírodovědecká fakulta
podzim 2000
Rozsah
0/3/0. 1 týden. 3 kr. Doporučované ukončení: kz. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc.
Předpoklady
Předpokladem pro porozumění předmětu je absolvování základů biochemie nebo molekulární biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Anotace
Budou zvládnuty základy práce s informačními databázemi vzniklými jako produkty projektů sekvenování modelových organismů a jejich využití pro experimentální studium biologické funkce genů a genomů. Bude přiřazena biologická funkce konkrétnímu členu komplexní rodiny genů (u Arabidopsis thaliana) s vysokým stupněm vzájemných homologií, kde nejsou aplikovatelné běžnější přístupy reverzní genomiky.
Klíčová témata
Úvod do funkční genomiky rostlin. Techniky práce s Arabidopsis thaliana a izolace genomové DNA. Syntéza a purifikace oligonukleotidů. Práce s genomovými databázemi. Identifikace inzerčních mutací ve vybraných zástupcích genové rodiny. Fragmentační analýza DNA. Zpracování výsledků fragmentační analýzy. Ukončení, odevzdání písemného protokolu.
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
blokové praktikum, ukončeno (klasifikovaným) zápočtem
Navazující předměty
Odkaz a informace vyučujících
Kurz je jedním ze dvou komplementárních blokových praktických cvičení (Základy genomiky - podzimní semestr, Základy proteomiky - jarní semestr). Studenti se v průběhu kurzu teoreticky i prakticky seznámí se základními metodami genomiky a proteomiky, které se stávají stěžejními biologickými disciplinami v nadcházející post-genomové etapě rozvoje biologie. Protože praktická výuka těchto metod vyžaduje speciální přístrojové vybavení, není dnes na vysokých školách ještě zdaleka standardní záležitostí. LMFR diponuje potřebným technickým zázemím i personálem pro výuku. Výuka bude organizována tak, aby studenti mohli s jednotlivými přístroji pracovat maximálně ve dvojicích, a aby co nejrychleji viděli průběžné výsledky své práce. Každý den bude začínat krátkou teoretickou přípravou, posléze bude pokračovat v laboratoři. Výstupem studentů bude písemný laboratorní protokol, na základě kterého jim bude udělen zápočet.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2001.