Bi7050 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2006
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 26 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Přednáška podává studentům, především biologických oborů, stručný úvod do metod využívajících hmotnostní spektrometrii k identifikaci proteinů a jejich modifikací včetně vybraných alternativních technik a praktických příkladů.
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy). 2. Příprava vzorku (RNDr. Hana Konečná) Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu). 3. Základní metody identifikace proteinů Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů. 4. Kvantifikace Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ). 5. Určování modifikací proteinů Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza sacharidových residuí. 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD) Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech. 7. Proteomické aplikace Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené na půdě PřF.
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2005, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012.