Bi4070 Analýza obrazu a mikrofotografie v biologii

Přírodovědecká fakulta
podzim 2009
Rozsah
2/0. 3 kr. Ukončení: k.
Vyučující
RNDr. Dušan Kadlec, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Božena Koubková, Ph.D. (pomocník)
Garance
RNDr. Božena Koubková, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: RNDr. Dušan Kadlec, Ph.D.
Předpoklady
Bi2302 Zoologická mikrotechnika
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 60 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/60, pouze zareg.: 0/60, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/60
Cíle předmětu
Cílem předmětu je seznámit studenty biologických oborů s principy pořizování obrazových dat a využití analýzy obrazu v biologii;
rozšíření a prohloubení znalostí mikroskopické techniky, světelné a fluorescenční mikroskopie;
osvojení zákonitostí manuálního i automatického měření a hodnocení obrazových dat v biologických oborech.
Kurs je orientován aplikačně, nevyžaduje speciální matematické znalosti.
Osnova
  • Současná dokumentační zařízení, digitální fotoaparáty, TV a digitální kamery, digitalizace signálu.
  • Pořizování a archivace obrazových dat, principy manuálního a automatického měření biologických objektů, popis objektů.
  • Předzpracování a prahování obrazu, binární editor. Základy klasifikace objektů.
  • Využití analýzy obrazu v patologii, toxikologii (Comet Assay) a cytogenetice (fluorescenční in situ hybridizace, komparativní genomová hybridizace, karyotypování chromozomů).
Literatura
  • PURVES, Dale a R.BEAU LOTTO. Why we see what we do: An Empirical Theory of Vision. Sinauer Associates, Inc., 2003, 260 s. ISBN 0-87893-752-8. info
Výukové metody
Teoretická příprava s praktickými ukázkami, diskuse
Metody hodnocení
přednášky s doporučenou účastí, diskuze v hodině, dobrovolné návštěvy odborných pracovišť závěrečný test, kolokvium
Další komentáře
Studijní materiály
Výuka probíhá blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021, podzim 2022, podzim 2023, podzim 2024.