Bi9020c Evoluční a srovnávací cytogenetika rostlin - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010
Rozsah
0/2. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: z.
Vyučující
prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc. (cvičící)
RNDr. Terezie Malík Mandáková, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Ústav experimentální biologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Martin Lysák, Ph.D., DSc.
Předpoklady
Základy cytogenetiky a molekulární nebo buněčné biologie.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20
Mateřské obory/plány
předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit
Anotace
Během cvičení se studenti seznámí s klasickými i nejmodernějšími metodami cytogenetiky rostlin. Každé praktické úloze předchází krátký teoretický úvod. Mezi nejdůležitější demonstrované techniky patří: fluorescence in situ hybridizace (FISH), FISH na DNA vláknech, genomická in situ hybridizace (GISH), značení DNA modifikovanými nukleotidy, srovnávací malování chromosomů (comparative chromosome painting), meiotické chromosomy v cytogenetice, immunololakalizace modifikovaných histonů, fluorescenční mikroskopie. Praktické cvičení navazuje na prednáškový kurs Bi9020 Evoluční a srovnávací cytogenetika rostlin. Na konci praktického cvičení by si studenti měli osvojit základní techniky moderní molekulární cytogenetiky rostlin.
Klíčová témata
  • Den 1
  • - přímé a nepřímé značení DNA sond a jejich kontrola na agarosovém gelu (amplifikace a značení centromerické tandémové repetice A. thaliana pAL pomocí PCR; značení rDNA repetic a chromosomově-specifických BAC klonů A. thaliana pomocí nick translace; značení genomové DNA pomocí nick translace)
  • - příprava mikroskopických preparátů z kořenových meristémů (hybridní rostliny Festuca x Lolium: mitotické chromosomy) a prašníků (A. thaliana: meiotické chromosomy)
  • - analýza připravených preparátů pomocí fluorescenčního mikroskopu (výběr vhodných preparátů pro Den 2)
  • Den 2
  • - fluorescenční in situ hybridizace (FISH, chromosome painting)/genomická in situ hybridizace (GISH), část I (příprava mikroskopických preparátů pro FISH, příprava hybridizačních sond, hybridizace)
  • - teoretické a praktické principy fluorescenční mikroskopie, práce s fluorescenčním mikroskopem a příslušným softwarem
  • - studium meiosy (stádia meiosy analyzována na připravených preparátech pomocí fluorescenčního mikroskopu, digitálně fotografická dokumentace)
  • Den 3
  • - FISH, chromosome painting/GISH, část II (detekce nepřímo značených DNA sond)
  • - analýza preparátů pomocí fluorescenčního mikroskopu, digitálně fotografická dokumentace (lokalizace tandémových repetic na chromosomech a v jádrech A. thaliana, chromosome painting: lokalizace BAC klonů A. thaliana na pachytenních chromosomech a v interfásních jádrech – chromosome territories; vyhodnocení výsledků GISH – demonstrace inter-genomových translokací).
  • - zpracování fotografických výstupů
  • Den 4
  • - příprava natažených DNA vláken (A. thaliana) a FISH na natažených DNA vláknech, část I (přímo značené BAC klony připravené v rámci Dne 1)
  • - analýza výsledků pomocí fluorescenčního mikroskopu
  • - zpracování fotografických výstupů
  • Den 5
  • - FISH na natažených DNA vláknech, část II
  • - analýza výsledků pomocí fluorescenčního mikroskopu
  • - zpracování fotografických výstupů
  • - závěr a shrnutí
Studijní zdroje a literatura
  • SCHWARZACHER, T. a HESLOP-HARRISON. Practical in situ hybridization. Bios, 2000. info
Přístupy, postupy a metody používané ve výuce
krátká teoretická příprava, laboratorní cvičení
Způsob ověření výstupů z učení a požadavky na ukončení
preparáty, protokoly, písemný test
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Poznámka k četnosti výuky: blok 5 dni.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2009, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace.