C7250 Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií

Přírodovědecká fakulta
podzim 2013
Rozsah
1/0/0. 1 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: k. Jiná možná ukončení: zk.
Vyučující
prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
RNDr. Hana Konečná (přednášející)
prof. RNDr. Šárka Pospíšilová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiří Fajkus, CSc.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr.
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Pá 8:00–9:50 C02/211
Předpoklady
Základní znalosti z biochemie a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 7 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit základní principy hmotnostní spektrometrie popsat instrumentaci běžně používanou v proteomice porozumět základům interpretace MS a MS/MS dat vysvětlit principy identifikace proteinů a jejich posttranslacnich modifikací pomocí hmotnostní spektrometrie vysvětlit metody kvantifikace pomocí MS popsat současné možnosti hmotnostní spektrometrie v proteomice navrhnout použití vhodné MS techniky pro různé typy biologických a biomedicínských experimentů
Osnova
  • 1. Hmotnostní spektrometrie
  • Princip metody, vymezení možností metody, stručný přehled instrumentace a ionizačních technik (MALDI-TOF MS, ESI-IT MS, FTMS, hybridní systémy).
  • 2. Příprava a separace vzorku (RNDr. Hana Konečná)
  • Obecné zásady přípravy vzorku pro MS analýzu. Strategie zpracování proteinových vzorků (volba vhodného souboru technik vzhledem k požadovanému výsledku experimentu).
  • 3. Základní metody identifikace proteinů
  • Peptide mapping, MS/MS ion search, identifikace proteinů s neznámou sekvencí (de-novo sequencing), výhody a limitace jednotlivých metod, základní proteomické přístupy (bottom-up, top-down), podobnost proteinů.
  • 4. Kvantifikace
  • Metody relativní a absolutní kvantifikace v hmotnostní spektrometrii (hmotnostní značky, specifické značky typu iTRAQ).
  • 5. Určování modifikací proteinů
  • Přehled druhů modifikací (post-translační modifikace, chemické modifikace), identifikace mutací. Fosfoproteiny příprava vzorku pro analýzu fosforylovaných proteinů a jejich detekce, určení místa fosforylace. Glykoproteiny separace a detekce glykoproteinů, analýza glykanů
  • 6. Proteinové čipy (RNDr. Šárka Pospíšilová, PhD)
  • Druhy proteinových čipů, jejich příprava, detekce a kvantifikace proteinů vazaných na čipech.
  • 7. Proteomické aplikace
  • Hmotnostní spektrometrie a diagnostika nemocí (identifikace biomarkrů, protein profiling), praktické příklady řešené v naší Centrální laboratoři.
Literatura
  • Proteome research : mass spectrometry. Edited by Peter James. Berlin: Springer-Verlag, 2001. xxi, 274 s. ISBN 3-540-67255-9-. info
Výukové metody
přednáška, diskuze
Metody hodnocení
kolokvium nebo ústní zkouška
kolokvium: každý student musí zodpovědět tři otázky, K úspěšnému zvládnutí je nutno zodpovědět všechny správně
ústní zkouška:
Informace učitele
lecture is given biweekly (in 2-hour units)
study materials are available in IS
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, podzim 2021.