S1004 Methods for structural characterization of biomolecules

Přírodovědecká fakulta
podzim 2020
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
At the end of the course students should be able to: understand and explain principles of crystal structure determination of proteins;
solve protein structure
interpret electron density maps
analyze and validate pdb coordinates
Výstupy z učení
At the end of the course students should be able to:
understand and explain principles of crystal structure determination of proteins;
solve protein structure
interpret electron density maps
analyze and validate pdb coordinates
Osnova
  • 1. Biomolecular sample, quality analysis, sample requirements
  • 2. Structural methods for analysis of biomolecules, complementarity of techniques
  • 3. Biomacromolecular crystals, crystallization techniques, crystallization experiment
  • 4. Crystal properties, space group and symmetry, assymetric unit
  • 5. Diffraction experiment, X-ray sources, diffraciton images processing
  • 6. Phase and amplitude, phase problem and methods for phasing, electron density
  • 7. Structural model, density maps, model accuracy, validation, structural databases
  • 8. Optimization of structural experiment
Literatura
    doporučená literatura
  • PECORA R. Dynamic Light Scattering: Applications of Photon Correlation Spectroscopy, Springer, 1985
  • Bergfors, T. M. Protein Crystallization: Second Edition, Oxford University Press, 2009.
  • Fundamentals of crystallography. Edited by Carmelo Giacovazzo. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 2002. xix, 825 s. ISBN 0-19-850957-X. info
  • MAREK, Jaromír a Zdeněk TRÁVNÍČEK. Monokrystalová rentgenová strukturní analýza. 1. vyd. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci, 2002. 169 s. ISBN 8024405512. info
  • Circular dichroism and the conformational analysis of biomolecules. Edited by Gerald D. Fasman. New York: Plenum Press, 1996. ix, 738 s. ISBN 0-306-45142-5. info
Výukové metody
Intensive course covering lectures and class discussion
Metody hodnocení
in-term assessment, final written test
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
Poznámka k četnosti výuky: during exam period, February 7-9, 2017.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2011 - akreditace, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2020/S1004