a 2012

Celogenomová sekvence T. pallidum subsp. endemicum kmene Bosnia A

ŠTAUDOVÁ, Barbora, Michal STROUHAL, Marie ZOBANÍKOVÁ, Helena PĚTROŠOVÁ, David ŠMAJS et. al.

Basic information

Original name

Celogenomová sekvence T. pallidum subsp. endemicum kmene Bosnia A

Name (in English)

Whole genom sequence of T. pallidum subsp. endemicum strain Bosnia A

Authors

ŠTAUDOVÁ, Barbora, Michal STROUHAL, Marie ZOBANÍKOVÁ, Helena PĚTROŠOVÁ and David ŠMAJS

Edition

XXI. konference mladých mikrobiologů Tomáškovy dny 2012, 2012

Other information

Type of outcome

Konferenční abstrakt

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

ISBN

978-80-210-5874-3

Keywords (in Czech)

Treponema pallidum, Bosnia A, celogenomové sekvenování

Keywords in English

Treponema pallidum, Bosnia A, whole genome sequencing
Změněno: 29/11/2012 13:23, Mgr. Barbora Štaudová

Abstract

V originále

Treponema pallidum je gramnegativní bakterie patřící do čeledi Spirochetaceae. Jednotlivé poddruhy způsobují onemocnění člověka, které se liší invazivitou, způsobem přenosu a patogenezí. T. pallidum subsp. pallidum je původcem venerické syfilis. Přenáší se pohlavním stykem, je vysoce invazivní a postihuje většinu tkání organismu. T. pallidum subsp. pertenue (způsobující onemocnění yaws) a subsp. endemicum (původce endemické syfilis) se přenáší kontaktem postižené pokožky a vyznačuje se střední invazivitou. Tyto bakterie nelze kultivovat in vitro. Jednotlivé poddruhy od sebe nelze odlišit morfologicky ani sérologicky a jsou sekvenčně téměř shodné (~99%). Přesto zde existují genetické rozdíly, které se podílejí na míře invazivity a patogenity. Sekvenace genomu jednotlivých poddruhů a analýz genetických rozdílů by mohla v budoucnu napomoci ke snadnější identifikaci těchto bakterií. Cílem studie je zjistit celogenomovou sekvenci kmene Bosnia A (subsp. endemicum). Celý genom Bosnia A byl rozdělen do tzv. TP-intervalů, které se vzájemně překrývají a pokrývají celý genom. TP intervaly byly amplifikovány pomocí specifických primerů, které byly navrženy pro kmen Nichols (subsp. pallidum). Z důvodu sekvenční příbuznosti některých částí genomu (paralogní úseky) byly PCR produkty rozděleny do 4 genomových podoblastí (problematické části genomu tak byly od sebe separovány) a sekvencovány pomocí sekvenačních technik nové generace (pyrosekvenace, Illumina a SOLiD). Výstupní data sekvenace byla přiřazena k sekvenci kmene Samoa D (subsp. pertenue). Neshody mezi sekvenačnimi technikami a nedostatečné pokrytí některých oblastí byly dokončeny Sangerovou metodou. Velikost genomu Bosnia A je celkem 1,14 Mbp s průměrným obsahem GC bází 53,2 %. Genom byl sestaven z celkem 214 TP intervalů o velikosti 801 – 12529 bp. Dva úseky se nepodařilo amplifikovat (TPI-25B a TPI-79). Tyto oblasti byly uzavřeny ve spolupráci s S.Lukehart et al. (University of Washington, Seattle, USA). Sekvenací bylo získáno 45 kontigů metodou Solexa, 4 metodou SOLiD a 119 metodou 454, které byly přiřazeny k referenční sekvenci (Samoa D). Celkem bylo nalezeno 15 neshod mezi sekvenačními metodami a 5 mezer (o velikosti 1,4 kbp). Tyto oblasti byly resekvenovány stejně jako některé problematické oblasti genomu (např. geny tprK, arp, oblast TPI11A). Kmen Bosnia A byl sekvencovaný třemi sekvenačními technikami nové generace a byl porovnán s kompletními nukleotidovými sekvencemi některých dalších treponemálních kmenů.