2012
TY-3 gypsy Copy Number is Correlated with Genome Size in Subtribe Hieraciinae (Lactuceae, Asteraceae)
ŠMERDA, Jakub; Karol KRAK; Judith FEHRER; Petr BUREŠ; František ZEDEK et al.Základní údaje
Originální název
TY-3 gypsy Copy Number is Correlated with Genome Size in Subtribe Hieraciinae (Lactuceae, Asteraceae)
Název česky
Počet kopií TY-3 gypsy koreluje s velikostí genomu u subtribu Hieraciinae (Lactuceae, Asteraceae)
Autoři
ŠMERDA, Jakub; Karol KRAK; Judith FEHRER; Petr BUREŠ; František ZEDEK; Jaroslav ZAHRADNÍČEK a Jindřich CHRTEK
Vydání
ICPHB 2012 International Conference on Polyploidy, Hybridization and Biodiversity, 2012
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Konferenční abstrakt
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Odkazy
Označené pro přenos do RIV
Ne
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova česky
velikost genomu; gypsy retrotransposony; Hieracium; Pilosella; Andryala
Klíčová slova anglicky
genome size; gypsy retrotransposons; Hieracium; Pilosella; Andryala
Příznaky
Mezinárodní význam
Změněno: 26. 3. 2019 22:24, prof. RNDr. Petr Bureš, Ph.D.
V originále
The subtribe Hieraciinae is composed of the genera Hieracium, Pilosella, Andryala, and Hispidella. Phylogenetic studies have revealed the existence of three major phylogenetic groups: (1) Pilosella/Hispidella, (2) Hieracium s.l., and (3) Andryala. These lineages differ from each other in reproductive mode, ploidy level, and number of polyploid taxa included. The aims of the present study were (1) to fill the gap in the pattern of genome size variation within the Hieraciinae by providing these data for genus Andryala, and (2) to investigate the relation between genome size variation and abundance of gypsy-like retrotransposons in the subtribe. Genome sizes of 14 species and subspecies of Andryala were estimated using flow cytometry. An estimate of gypsy-like retrotransposon density was performed in 23 diploid taxa with known genome size, representing the major phylogenetic lineages of the Hieraciinae using (1) quantitative PCR with degenerate primers and (2) Southern dot blot analysis. Substantial variation in genome size was found among the three major phylogenetic groups of the Hieraciinae. The 1Cx values varied 1.22-fold (3.51-4.34 pg) in subgen. Hieracium, 1.26-fold (1.72-2.16 pg) in Pilosella and 1.66-fold (1.54-2.56 pg) in Andryala. A positive correlation between monoploid genome size and density of gypsy-like retrotransposons was found in the complete dataset. The total proportion of repetitive DNA represented by gypsy-like retrotransposons in the whole genome varied from 11.4% in Andryala to 51.0% in Hieracium s.str. in particular species. While the genome size ranges in Pilosella and Andryala more or less overlapped, species of both genera consistently showed only about 50% of the DNA content compared to Hieracium s.str. despite the same base chromosome number (x = 9). The evolution of genome size in the tribe Hieraciinae is to a considerable degree associated with gypsy-like retrotransposon proliferation/removal.
Česky
Fylogenetické studie odhalily, že subtribus Hieraciinae sestává ze tří hlavních fylogenetických linií: (1) Pilosella / Hispidella, (2) Hieracium sl, a (3) Andryala. Tyto skupiny se od sebe liší v reprodukční strategii a frekvenci polyploidie. Cílem studie bylo (1) doplnit znalosti o velikosti genomu v rámci Hieraciinae a (2) prozkoumání jak evoluce velikosti genomu souvisí s četnosti gypsy-retrotranspozonů v subtribu. Genomové velikosti 14 druhů a poddruhů Andryala byly stanoveny pomocí průtokové cytometrie. Hustota gypsy-retrotransposonů byla stanovena pro genomy 23 diploidních taxonů se známou velikostí genomu, reprezentujících všechny tři hlavní vývojové linie Hieraciinae, a to pomocí (1) kvantitativní PCR a (2) Southern dot blot analýzy. Zásadní rozdíly ve velikosti genomu byly nalezena mezi třemi hlavními fylogenetickými liniemi Hieraciinae. V 1CX hodnotách se lišily 1,22-krát (3.51-4.34 pg) u Hieracium, 1,26-krát (1,72 až 2,16 pg) u Pilosella a 1,66-krát (1,54 - 2,56 pg) u Andryala. Pozitivní korelace mezi monoploidní velikostí genomu a hustotou gypsy-retrotransposonů byla nalezena v kompletním datovém souboru. Celkový genomický podíl repetitivní DNA zastoupené gypsy-retrotransposony se pohyboval od 11,4% v rodě Andryala až po 51,0% v rodě Hieracium s.str. Vývoj velikosti genomu v pokolení Hieraciinae je do značné míry spojen s proliferací gypsy-retrotransposonů.
Návaznosti
| GAP506/10/1363, projekt VaV |
|