Informační systém Masarykovy univerzity 

Timed Modelling of Gene Networks with Arbitrary Expression Level Discretization

česky | in English

VAN GOETHEM, Simon, Jean-Marie JACQUET, Luboš BRIM a David ŠAFRÁNEK. Timed Modelling of Gene Networks with Arbitrary Expression Level Discretization. In Proceedings of the Third International Workshop on Interactions Between Computer Science and Biology (CS2Bio'12). Neuveden: Elsevier, 2013. s. 67-81, 15 s. ISSN 1571-0661. doi:10.1016/j.entcs.2013.02.019.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Timed Modelling of Gene Networks with Arbitrary Expression Level Discretization
Autoři VAN GOETHEM, Simon (56 Belgie), Jean-Marie JACQUET (56 Belgie), Luboš BRIM (203 Česká republika, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Neuveden, Proceedings of the Third International Workshop on Interactions Between Computer Science and Biology (CS2Bio'12), od s. 67-81, 15 s. 2013.
Nakladatel Elsevier
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek ve sborníku
Obor Informatika
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14330/13:00065956
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISSN 1571-0661
Doi http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2013.02.019
Klíčová slova anglicky timed automata; gene regulatory networks; UPPAAL
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 24. 4. 2014 17:29.
Anotace
In this paper, a novel approach to discrete modeling of gene regulatory networks is presented. The approach is based on timed automata and is new in: (i) reflecting discrete abstraction of gene expression with arbitrary granularity, (ii) combining boolean logic with approximation of Hill kinetics. This is achieved by introducing delays that change dynamically with respect to current activity levels of regulating genes. The approach is implemented in UPPAAL and evaluated on benchmark models and on a biological case study.
Návaznosti
GAP202/11/0312, projekt VaVNázev: Vývoj a verifikace softwarových komponent v zapouzdřených systémech (Akronym: Components in Embedded Systems)
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
VytisknoutZobrazeno: 23. 11. 2017 06:28

Relevantní odkazy 


Nahoru | Aktuální datum a čas: 23. 11. 2017 06:28, 47. (lichý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému