STRNAD, Ondřej, Vilém ŠUSTR, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří SOCHOR. Real-time visualization of protein empty space with varying parameters. In Hesham H. Ali, University of Nebraska at Omaha, USA. Proceedings of Biotechno. Lisbon/Portugal: IARIA XPS Press, 2013. s. 65-70. ISBN 978-1-61208-260-8.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Real-time visualization of protein empty space with varying parameters
Autoři STRNAD, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí), Vilém ŠUSTR (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí).
Vydání Lisbon/Portugal, Proceedings of Biotechno, od s. 65-70, 6 s. 2013.
Nakladatel IARIA XPS Press
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
Kód RIV RIV/00216224:14330/13:00065959
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-61208-260-8
Klíčová slova česky protein; volný prostor; vizualizace; real-time; dutina
Klíčová slova anglicky protein; empty space; void; visualization; real-time; cavity
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D., učo 139568. Změněno: 27. 11. 2013 21:14.
Anotace
Exploration of empty space inside protein structures is playing a crucial role in protein engineering and drug design. Such empty space inside protein can be utilized for design of protein mutations. The importance of empty space is also based on its ability to accept a small ligand molecule which can react with the protein. The product of such reaction can form a basis of new medications. Many algorithms enabling computation of these empty spaces, often marked as voids, have been published and their results were evaluated by protein engineers to confirm their chemical relevance. However, not each void of the protein can be considered as a target point of ligand binding. Thus the following examination and assessment of all voids has to be performed. In this phase the visual representation of voids is very valuable and substantially decreases time of this evaluation phase. In this paper, we introduce a novel algorithm for visualization and further evaluation of voids in real-time. This user driven approach enables to compute and display empty space that satisfies the input parameters instantly. Basically, these parameters include setting of minimal desired width of the voids. The values of these parameters can be changed by the user anytime and the changes are immediately displayed and prepared for further exploration.
Anotace česky
Zkoumání volného prostoru uvnitř proteinových struktur je jednou ze základních disciplín proteinového inženýrství a návrhu nových léčiv. Takovýto volný prostor hraje důležitou úlohu při mutacích proteinu. Jeho důležitost je rovněž založena na schopnosti absorbovat malou molekulu ligandu, která může reagovat s proteinem. Produkt takové reakce může tvořit základ nového léčiva. Bylo publikováno mnoho algoritmů pro výpočet volných míst uvnitř molekul a relevance výsledků byla vyhodnocena a potvrzena přímo proteinovými inženýry. Avšak ne každá spočtená dutina je vhodná pro akceptaci ligandu. Proto je za tímto účelem nutné provést vyhodnocení každé dutiny. V této fázi je nezbytnou součástí zobrazení všech dutin, které podstatně urychluje proces jejich evaluace. Tento článek představuje nový algoritmus pro vizualizaci a následné vyhodnocení dutin v reálném čase. Tento přístup řízený uživatelem umožňuje okamžitě spočítat a zobrazit volný prostor v proteinu, který vyhovuje vstupním parametrům. Tyto parametry obsahují zejména nastavení minimální šířky volného prostoru. Hodnoty vstupních parametrů mohou být kdykoliv změněny a změny jsou okamžitě promítnuty do zobrazení, které je ihned připraveno k dalšímu prozkoumání.
Návaznosti
GAP202/10/1435, projekt VaVNázev: Analýza a vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur
LG13010, projekt VaVNázev: Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics (Akronym: ERCIM-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics
MUNI/A/0750/2012, interní kód MUNázev: Vyzkum FI v oblastech aplikovane informatiky (Akronym: FI_Apl_Inf_2013)
Investor: Masarykova univerzita, Vyzkum FI v oblastech aplikovane informatiky, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 10:47