HON, Jiří, Tomáš MARTÍNEK, Kamil RAJDL a Matej LEXA. Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences. Bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2013, roč. 29, č. 15, s. 1900-1901. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btt299.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Triplex: an R/Bioconductor package for identification and visualization of potential intramolecular triplex patterns in DNA sequences
Autoři HON, Jiří (203 Česko), Tomáš MARTÍNEK (203 Česko, garant), Kamil RAJDL (203 Česko, domácí) a Matej LEXA (703 Slovensko, domácí).
Vydání Bioinformatics, Oxford, Oxford University Press, 2013, 1367-4803.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Česko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 4.621
Kód RIV RIV/00216224:14330/13:00068371
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btt299
UT WoS 000322337000012
Klíčová slova anglicky H-DNA; R/Bioconductor; pattern matching; dynamic programming; triplex; searching; annotation
Změnil Změnil: Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298. Změněno: 13. 3. 2018 14:21.
Anotace
Upgrade and integration of triplex software into the R/Bioconductor framework. We combined a previously published implementation of a triplex DNA search algorithm with visualization to create a versatile R/Bioconductor package triplex. The new package provides functions that can be used to search Bioconductor genomes and other DNA sequence data for occurrence of nucleotide patterns capable of forming intramolecular triplexes (H-DNA). Functions producing 2-D and 3-D diagrams of the identified triplexes allow instant visualization of the search results. Leveraging the power of Biostrings and GRanges classes, the results get fully integrated into the existing Bioconductor framework, allowing their passage to other Genome visualization and annotation packages, such as GenomeGraphs, rtracklayer or Gviz. R package triplex is available from Bioconductor (bioconductor.org).
Návaznosti
LG13010, projekt VaVNázev: Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics (Akronym: ERCIM-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, INGO II (od projektů s počátkem řešení v roce 2011)
VytisknoutZobrazeno: 12. 7. 2020 15:49