J 2013

Software tools for identification, visualization and analysis of protein tunnels and channels

BREZOVSKÝ, Jan; Eva ŠEBESTOVÁ; Artur Wiktor GORA; Antonín PAVELKA; Lada BIEDERMANNOVÁ et al.

Základní údaje

Originální název

Software tools for identification, visualization and analysis of protein tunnels and channels

Autoři

BREZOVSKÝ, Jan; Eva ŠEBESTOVÁ; Artur Wiktor GORA; Antonín PAVELKA; Lada BIEDERMANNOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ

Vydání

BIOTECHNOLOGY ADVANCES, OXFORD, PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2013, 0734-9750

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 8.905

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/13:00065808

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

DOI

UT WoS

Klíčová slova anglicky

Tunnel; Channel; Pore; Pathway; Ligand binding; Ligand transport; Substrate entry; Product release; Protein design; Protein engineering

Štítky

Změněno: 26. 6. 2014 12:59, Mgr. Eva Šebestová, Ph.D.

Anotace

V originále

Protein structures contain highly complex systems of voids, making up specific features such as surface clefts or grooves, pockets, protrusions, cavities, pores or channels, and tunnels. Many of them are essential for the migration of solvents, ions and small molecules through proteins, and their binding to the functional sites. Analysis of these structural features is very important for understanding of structure-function relationships, for the design of potential inhibitors or proteins with improved functional properties. Here we critically review existing software tools specialized in rapid identification, visualization, analysis and design of protein tunnels and channels. The strengths and weaknesses of individual tools are reported together with examples of their applications for the analysis and engineering of various biological systems. This review can assist users with selecting a proper software tool for study of their biological problem as well as highlighting possible avenues for further development of existing tools. Development of novel descriptors representing not only geometry, but also electrostatics, hydrophobicity or dynamics, is needed for reliable identification of biologically relevant tunnels and channels.

Návaznosti

ED0001/01/01, projekt VaV
Název: CETOCOEN
GAP202/10/1435, projekt VaV
Název: Analýza a vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur
GAP503/12/0572, projekt VaV
Název: Konstrukce syntetické metabolické dráhy pro degradaci důležitého environmentálního polutantu proteinovým a metabolickým inženýrstvím
Investor: Grantová agentura ČR, Konstrukce syntetické metabolické dráhy pro degradaci důležitého environmentlního polutantu proteinovým a metabolickým inženýrstvím
IAA401630901, projekt VaV
Název: Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami
Investor: Akademie věd ČR, Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami
LG13010, projekt VaV
Název: Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics (Akronym: ERCIM-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics
MUNI/A/0750/2012, interní kód MU
Název: Vyzkum FI v oblastech aplikovane informatiky (Akronym: FI_Apl_Inf_2013)
Investor: Masarykova univerzita, Vyzkum FI v oblastech aplikovane informatiky, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty