u 2013

Parallel methods for calculation of long-range electrostatic interactions

PAZÚRIKOVÁ, Jana a Luděk MATYSKA

Základní údaje

Originální název

Parallel methods for calculation of long-range electrostatic interactions

Název česky

Paralelné metódy pre výpočet ďaleko-dosahových elektrostatických interakcií

Autoři

Vydání

18 s. 2013

Nakladatel

arXiv

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Účelové publikace

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14330/13:00070602

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

molecular dynamics; long-range interaction; parallel in time
Změněno: 17. 4. 2014 10:53, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.

Anotace

V originále

Large molecular dynamics simulations (millions of atoms, tens of microseconds, thousands of processors) hit the strong scalability wall: simulation on twice as many processors does not take half the time. Inspired by large N-body space simulations, we suggest to calculate the bottleneck---the long-range interactions---parallel in time. This technical report aims to present the combination of parareal method and multilevel summation method. We thoroughly describe both methods and reasons for their particular combination. We also propose several optimizations that should provide the acceleration by an order of magnitude.

Návaznosti

MUNI/A/0760/2012, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace II. (Akronym: FI MAV II.)
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace II., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty