STRNAD, Ondřej, Vilém ŠUSTR, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří SOCHOR. Geometrical Detection of Pathways in Protein Structures Leading Among More Binding Sites. In Hesham H. Ali. BIOTECHNO 2014 : The Sixth International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies. Chamonix/France: IARIA XPS Press, 2014. s. 93-98. ISBN 978-1-61208-335-3.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Geometrical Detection of Pathways in Protein Structures Leading Among More Binding Sites
Autoři STRNAD, Ondřej (203 Česká republika, garant, domácí), Vilém ŠUSTR (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí).
Vydání Chamonix/France, BIOTECHNO 2014 : The Sixth International Conference on Bioinformatics, Biocomputational Systems and Biotechnologies, od s. 93-98, 6 s. 2014.
Nakladatel IARIA XPS Press
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Francie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání paměťový nosič (CD, DVD, flash disk)
Kód RIV RIV/00216224:14330/14:00074865
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-61208-335-3
ISSN 2308-4383
Klíčová slova česky protein; ribozom; tunel; kanál; aktivní místo; vazebné místo; Voroného diagram; Delaunay triangulace
Klíčová slova anglicky protein; ribosome; tunnel; channel; active site; binding site; Voronoi diagram; Delaunay triangulation
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 27. 8. 2014 08:34.
Anotace
In this paper, we present a novel algorithm for the detection of pathways connecting two or more specific user defined binding sites, which are deeply buried in a protein macromolecule. These pathways can play an important role in the protein reactivity and overall behavior. However, our new algorithm can be generalized and used for computation of pathways inside an arbitrary set of spheres in three-dimensional space, leading through an ordered set of user-defined sites. Our approach is based on the localized Voronoi diagram approach and the Delaunay triangulation. The greatest benefit of our approach is its independence on the size of the input data set. This is achieved by using only a subset of all atoms in the macromolecule in each phase. This substantially reduces the size of the processed space. The method can also be utilized for determination whether pathways wide and straight enough exist among determined binding sites. This information then serves as the guideline for assessing the migration of products of chemical reaction between these binding sites.
Návaznosti
LG13010, projekt VaVNázev: Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics (Akronym: ERCIM-CZ)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Zastoupení ČR v European Research Consortium for Informatics and Mathematics
MUNI/A/0915/2013, interní kód MUNázev: Výzkum FI ve vybraných oblastech aplikované informatiky (Akronym: FI_Apl_Inf_2014)
Investor: Masarykova univerzita, Výzkum FI ve vybraných oblastech aplikované informatiky, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 12:04