Faunus - a flexible framework for Monte Carlo simulation

STENQVIST, Bjoern, Axel THURESSON, Anil KURUT, Robert VÁCHA a Mikael LUND. Faunus - a flexible framework for Monte Carlo simulation. Molecular Simulation. Oxon: Taylor & Francis, 2013, roč. 39, 14-15, s. 1205-1211. ISSN 0892-7022. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1080/08927022.2013.828207.

Základní údaje

• Originální název: Faunus - a flexible framework for Monte Carlo simulation
• Autoři: STENQVIST, Bjoern (752 Švédsko), Axel THURESSON (752 Švédsko), Anil KURUT (752 Švédsko), Robert VÁCHA (203 Česká republika, garant, domácí) a Mikael LUND (752 Švédsko).
• Vydání: Molecular Simulation, Oxon, Taylor & Francis, 2013, 0892-7022.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 10403 Physical chemistry
• Stát vydavatele: Velká Británie a Severní Irsko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Impakt faktor: Impact factor: 1.119
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/13:00070869
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• Doi: http://dx.doi.org/10.1080/08927022.2013.828207
• UT WoS: 000326788300009
• Klíčová slova anglicky: Metropolis Monte Carlo; coarse graining; C plus plus scientific programming
• Štítky: rivok
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

Faunus is a set of building blocks or statistical mechanical Lego' for constructing molecular simulation programs to study complex solutions, including proteins, polymers, salts, phospholipid membranes, surfaces and/or rigid macro-molecules. Current focus is on Metropolis Monte Carlo (MC) algorithms with support for anisotropic particles (multipolar, polarisable and sphero-cylindrical) and a flexible Hamiltonian. The design is inherently modular and it is trivial to extend functionality to cover new interaction potentials, geometries or moves. In this study, we present basic features, C++ design principles and review- selected applications. The latter includes splined pair potentials, two-dimensional parallel tempering of protein mixtures and MC swap moves for modelling ion-specific effects without ions.

Návaznosti

• ED1.1.00/02.0068, projekt VaV: Název: CEITEC - central european institute of technology
• 286154, interní kód MU: Název: SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future (Akronym: SYLICA)

Investor: Evropská unie, SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future, Kapacity