On generating benchmark datasets for evaluation of segmentation and tracking algorithms in fluorescence microscopy

SVOBODA, David. On generating benchmark datasets for evaluation of segmentation and tracking algorithms in fluorescence microscopy. In SPlab workshop. 2013.

Základní údaje

• Originální název: On generating benchmark datasets for evaluation of segmentation and tracking algorithms in fluorescence microscopy
• Autoři: SVOBODA, David (203 Česká republika, garant, domácí).
• Vydání: SPlab workshop, 2013.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Vyžádané přednášky
• Obor: 20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14330/13:00066770
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• Klíčová slova anglicky: simulation; benchmark datasets; image processing; fluorescence microscopy
• Štítky: cbia-web

Anotace

In fluorescence microscopy, the proper evaluation of image segmentation and tracking algorithms is still an open problem. As the ground truth for cell image data (and measurements on them) is not available in most experiments, the outputs of different image analysis methods can hardly be verified or compared to each other. We created a toolbox that can generate 3D digital phantoms of specific cellular components along with their corresponding images degraded by specific optics and electronics. The images can represent static scenes (fixed cell) as well as time-lapse sequences (living cells). Such synthetically generated images can serve as a benchmark dataset for measuring the quality of various segmentation and tracking algorithms.

Návaznosti

• GBP302/12/G157, projekt VaV: Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii

Investor: Grantová agentura ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii