2014
Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
KOZLÍKOVÁ, Barbora, Adam JURČÍK, Jan BYŠKA, Ondřej STRNAD, Jiří SOCHOR et. al.Základní údaje
Originální název
Visualizing Movements of Protein Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
Název česky
Vizualizace pohybu tunelů v tunelech v rámci molekulové dynamiky
Autoři
KOZLÍKOVÁ, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí), Adam JURČÍK (203 Česká republika, domácí), Jan BYŠKA (203 Česká republika, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí)
Vydání
Postfach, Germany, EG VCBM 2014 Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, od s. 97-106, 10 s. 2014
Nakladatel
Eurographics Association
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Německo
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
elektronická verze "online"
Kód RIV
RIV/00216224:14330/14:00076224
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISBN
978-3-905674-62-0
ISSN
Klíčová slova anglicky
protein; visualization; tunnel; animation; Voronoi diagram; Delaunay triangulation
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 2. 4. 2015 15:23, prof. Ing. Jiří Sochor, CSc.
V originále
Analysis and visualization of molecules and their structural features help biochemists and biologists to better understand protein behavior. Studying these structures in molecular dynamics simulations enhances this understanding. In this paper we introduce three approaches for animating specific inner pathways composed of an empty space between atoms, called tunnels. These tunnels facilitate the transport of small molecules, water solvent and ions in many proteins. They help researchers understand the structure-function relationships of proteins and the knowledge of tunnel properties improves the design of new inhibitors. Our methods are derived from selected tunnel representations when each stresses some of the important tunnel properties - width, shape, mapping of physico-chemical properties, etc. Our methods provide smooth animation of the movement of tunnels as they change their length and shape throughout the simulation.
Česky
Analýza a vizualizace molekul a jejich strukturních vlastností umožňuje biochemikům a biologům lépe porozumět chování daného proteinu. Zkoumání těchto struktur v rámci molekulové dynamiky dále tyto znalosti prohlubuje. Článek prezentuje tři přístupy k animaci specifických cest uvnitř proteinu, nazývaných tunely. Tyto tunely umožnují průchod malých molekul, molekul vody a iontů skrz daný protein. Tunely slouží k lepšímu pochopení strukturně-funkčních vztahů proteinů a dále znalost jejich přítomnosti a vlastností pomáhá lépe navrhovat možné inhibitory. Naše nové metody jsou odvozeny z vybraných existujících reprezentaci tunel, kdy každá z nich je zaměřena na některé z důležitých vlastností tunelů - šířka, tvar, mapování fyziko-chemikálních vlastností, atd. Naše metody slouží k hladké animaci pohybu jednotlivých tunelů a umožňují pozorovat jejich změny v rámci dané simulace, jako je například jejich délka a tvar.
Návaznosti
| MUNI/A/0915/2013, interní kód MU |
|