LEXA, Matej, Pavlina STEFLOVA, Tomáš MARTÍNEK, Michaela VORLÍČKOVÁ, Boris VYSKOT a Eduard KEJNOVSKÝ. Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements. BMC Genomics, London: BioMed Central Ltd, 2014, roč. 15, č. 1, s. 1032-1043. ISSN 1471-2164. doi:10.1186/1471-2164-15-1032.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Guanine quadruplexes are formed by specific regions of human transposable elements
Autoři LEXA, Matej (703 Slovensko, garant, domácí), Pavlina STEFLOVA (203 Česko), Tomáš MARTÍNEK (203 Česko), Michaela VORLÍČKOVÁ (203 Česko, domácí), Boris VYSKOT (203 Česko) a Eduard KEJNOVSKÝ (203 Česko).
Vydání BMC Genomics, London, BioMed Central Ltd, 2014, 1471-2164.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10602 Biology , Evolutionary biology
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 3.986
Kód RIV RIV/00216224:14330/14:00077524
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-15-1032
UT WoS 000355992300001
Klíčová slova česky G4 kvadruplex; lidsky genom; transposony; cirkularni dichroismus; Bioconductor; bioinformatika
Klíčová slova anglicky G4 quadruplex; human transposable elements; circular dichroism; Bioconductor code; bioinformatics
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298. Změněno: 13. 3. 2018 14:08.
Anotace
BACKGROUND:Transposable elements form a significant proportion of eukaryotic genomes. Recently, Lexa et al (Nucleic Acids Res 42:968-978, 2014) reported that plant long terminal repeat (LTR) retrotransposons often contain potential quadruplex sequences (PQSs) in their LTRs and experimentally confirmed their ability to adopt four-stranded DNA conformations.RESULTS:Here, we searched for PQSs in human retrotransposons and found that PQSs are specifically localized in the 3'-UTR of LINE-1 elements, in LTRs of HERV elements and are strongly accumulated in specific regions of SVA elements. Circular dichroism spectroscopy confirmed that most PQSs had adopted monomolecular or bimolecular guanine quadruplex structures. Evolutionarily young SVA elements contained more PQSs than older elements and their propensity to form quadruplex DNA was higher. Full-length L1 elements contained more PQSs than truncated elements; the highest proportion of PQSs was found inside transpositionally active L1 elements (PA2 and HS families).CONCLUSIONS:Conservation of quadruplexes at specific positions of transposable elements implies their importance in their life cycle. The increasing quadruplex presence in evolutionary young LINE-1 and SVA families makes these elements important contributors toward present genome-wide quadruplex distribution.
Návaznosti
CZ.1.05/1.1.00/02.0068, interní kód MUNázev: CEITEC - středoevropský technologický institut (Akronym: CEITEC)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Operační program Výzkum a vývoj pro inovace (VaVpI), 1.1 Evropská centra excelence
VytisknoutZobrazeno: 12. 7. 2020 15:48