Dynamic Structures of DNA Heptamers with Different Central
Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral
Methods

J 2014

Dynamic Structures of DNA Heptamers with Different Central Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral Methods

PILAŘOVÁ, Iveta; Iva KEJNOVSKÁ; Michaela VORLÍČKOVÁ a Libuše TRNKOVÁ

Základní údaje

Originální název

Dynamic Structures of DNA Heptamers with Different Central Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral Methods

Autoři

PILAŘOVÁ, Iveta; Iva KEJNOVSKÁ; Michaela VORLÍČKOVÁ a Libuše TRNKOVÁ

Vydání

Electroanalysis, 2014, 1040-0397

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Německo

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/elan.201400288

Impakt faktor

Impact factor: 2.138

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/14:00077777

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova anglicky

DNA heptamers; Voltammetry; Elimination voltammetric procedure; Circular dichroism; Polyacrylamide gel electrophoresis

Štítky

AKR, rivok

Změněno: 23. 4. 2020 17:48, Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS.

Anotace

V originále

A short, single-stranded DNA fragment d(GCGAAGC) and its analogs d(GCNNNGC) carrying different trinucleotide sequences in the center of the molecule (AAA,CCC, GGG or TTT) were investigated by spectral (CD and UV spectra) and electrochemical methods (voltammetry, polyacrylamide gel electrophoresis). Our results show that (i) the central triplet GAA or AAA dramatically stabilizes DNA hairpins, (ii) a stem-loop configuration is not supported by CCC or TTT sequences, instead, these heptamers adopt bimolecular duplex forms. Finally (iii), in the case of GGG sequence a very stable supramolecular G-quadruplex is formed.

Návaznosti

CZ.1.05/1.1.00/02.0068, interní kód MU

Název: CEITEC - středoevropský technologický institut (Akronym: CEITEC)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC - středoevropský technologický institut, 1.1 Evropská centra excelence

LH13053, projekt VaV

Název: Chemická a elektrochemická analýza purinových derivátů a jejich komplexů s mědí (Akronym: CECAP)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Chemická a elektrochemická analýza purinových derivátů

MUNI/A/0972/2013, interní kód MU

Název: Vývoj metod a instrumentace pro analýzu biologicky významných látek 2014 (Akronym: MIAB)

Investor: Masarykova univerzita, Vývoj metod a instrumentace pro analýzu biologicky významných látek 2014, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

Citovat

PILAŘOVÁ, Iveta; Iva KEJNOVSKÁ; Michaela VORLÍČKOVÁ a Libuše TRNKOVÁ. Dynamic Structures of DNA Heptamers with Different Central Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral Methods. Electroanalysis. 2014, roč. 26, č. 10, s. 2118-2128. ISSN 1040-0397. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/elan.201400288.

@article{1213362,
   author = {Pilařová, Iveta and Kejnovská, Iva and Vorlíčková, Michaela and Trnková, Libuše},
   article_number = {10},
   doi = {https://doi.org/10.1002/elan.201400288},
   keywords = {DNA heptamers; Voltammetry; Elimination voltammetric procedure; Circular dichroism; Polyacrylamide gel electrophoresis},
   language = {eng},
   issn = {1040-0397},
   journal = {Electroanalysis},
   title = {Dynamic Structures of DNA Heptamers with Different Central Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral Methods},
   url = {http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/elan.201400288},
   volume = {26},
   year = {2014}
}

TY  - JOUR
ID  - 1213362
AU  - Pilařová, Iveta - Kejnovská, Iva - Vorlíčková, Michaela - Trnková, Libuše
PY  - 2014
TI  - Dynamic Structures of DNA Heptamers with Different Central Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral Methods
JF  - Electroanalysis
VL  - 26
IS  - 10
SP  - 2118-2128
EP  - 2118-2128
SN  - 10400397
KW  - DNA heptamers
KW  - Voltammetry
KW  - Elimination voltammetric procedure
KW  - Circular dichroism
KW  - Polyacrylamide gel electrophoresis
UR  - http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/elan.201400288
L2  - http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/elan.201400288
N2  - A short, single-stranded DNA fragment d(GCGAAGC) and its analogs d(GCNNNGC) carrying different trinucleotide sequences in the center of the molecule (AAA,CCC, GGG or TTT) were investigated by spectral (CD and UV spectra) and electrochemical methods (voltammetry, polyacrylamide gel electrophoresis). Our results show that (i) the central triplet GAA or AAA dramatically stabilizes DNA hairpins, (ii) a stem-loop configuration is not supported by CCC or TTT sequences, instead, these heptamers adopt bimolecular duplex forms. Finally (iii), in the case of GGG sequence a very stable supramolecular G-quadruplex is formed.
ER  -

PILAŘOVÁ, Iveta; Iva KEJNOVSKÁ; Michaela VORLÍČKOVÁ a Libuše TRNKOVÁ. Dynamic Structures of DNA Heptamers with Different Central Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral Methods. \textit{Electroanalysis}. 2014, roč.~26, č.~10, s.~2118-2128. ISSN~1040-0397. Dostupné z: https://doi.org/10.1002/elan.201400288.

Přehled o publikaci