2014
Hodnocení kometové analýzy s počítačovou podporou - opakovatelnost a reprodukovatelnost dat
DVOŘÁK, Miroslav, Petra URBANOVÁ a Milena MATEJOVIČOVÁZákladní údaje
Originální název
Hodnocení kometové analýzy s počítačovou podporou - opakovatelnost a reprodukovatelnost dat
Název anglicky
Evaluation of Computer-Assisted Comet Assay - Repeatability and Reproducibility of Data
Autoři
DVOŘÁK, Miroslav (203 Česká republika, domácí), Petra URBANOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Milena MATEJOVIČOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí)
Vydání
Chemické listy, Praha, Česká společnost chemická, 2014, 0009-2770
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor
Impact factor: 0.272
Kód RIV
RIV/00216224:14110/14:00078573
Organizační jednotka
Lékařská fakulta
UT WoS
000346508000009
Klíčová slova anglicky
DNA-damage; sensitivity; principles
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 21. 1. 2015 12:49, Ing. Mgr. Věra Pospíšilíková
V originále
Metoda kometové analýzy je založena na migraci poškozené DNA jednotlivých buněk při elektroforéze v agarózovém gelu, její následné vizualizaci (migrující poškozená DNA v gelu vytváří obraz podobný kometě) a hodnocení parametrů poškození DNA. Vizualizaci DNA (komet) lze provádět fluorescenčními barvivy nebo stříbřením. Hodnocení je možné buď počítačovými programy založenými na analýze obrazu, případně členěním do kategorií (např. 0–4) dle míry poškození. V naší práci jsme studovali opakovatelnost a reprodukovatelnost výsledků při použití kombinace alkalickoneutrální kometové analýzy, barvení stříbřením a vyhodnocení s pomocí počítačové podpory.
Anglicky
Evaluation of the alkaline/neutral comet assay combined with Ag staining and computer analysis were performed and afford good repeatability and reproducibility. The present study showed that if an appropriate number of comet results (N=100) is evaluated using LUCIA image analysis, there are no statistically significant differences among operators of various levels of experience. Using public domain software CASP, the results showed a consistent tendency to provide lower average values for the studied variable (% tail DNA) compared with LUCIA software. Yet, this tendency was shown to be statistically insignificant for a majority of comets. If limited to a sub-sample of less damaged comets, the software comparison was statistically significant. This together with the fact that CASP was unable to process heavily damaged comets (>90 % tail DNA) may bring certain limitations to the use of CASP combined with presented protocol. In many respects, the results of analysis using CASP are comparable with the values obtained using the LUCIA software.