J 2014

Hodnocení kometové analýzy s počítačovou podporou - opakovatelnost a reprodukovatelnost dat

DVOŘÁK, Miroslav, Petra URBANOVÁ a Milena MATEJOVIČOVÁ

Základní údaje

Originální název

Hodnocení kometové analýzy s počítačovou podporou - opakovatelnost a reprodukovatelnost dat

Název anglicky

Evaluation of Computer-Assisted Comet Assay - Repeatability and Reproducibility of Data

Autoři

DVOŘÁK, Miroslav (203 Česká republika, domácí), Petra URBANOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Milena MATEJOVIČOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí)

Vydání

Chemické listy, Praha, Česká společnost chemická, 2014, 0009-2770

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 0.272

Kód RIV

RIV/00216224:14110/14:00078573

Organizační jednotka

Lékařská fakulta

UT WoS

000346508000009

Klíčová slova anglicky

DNA-damage; sensitivity; principles

Štítky

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 21. 1. 2015 12:49, Ing. Mgr. Věra Pospíšilíková

Anotace

V originále

Metoda kometové analýzy je založena na migraci poškozené DNA jednotlivých buněk při elektroforéze v agarózovém gelu, její následné vizualizaci (migrující poškozená DNA v gelu vytváří obraz podobný kometě) a hodnocení parametrů poškození DNA. Vizualizaci DNA (komet) lze provádět fluorescenčními barvivy nebo stříbřením. Hodnocení je možné buď počítačovými programy založenými na analýze obrazu, případně členěním do kategorií (např. 0–4) dle míry poškození. V naší práci jsme studovali opakovatelnost a reprodukovatelnost výsledků při použití kombinace alkalickoneutrální kometové analýzy, barvení stříbřením a vyhodnocení s pomocí počítačové podpory.

Anglicky

Evaluation of the alkaline/neutral comet assay combined with Ag staining and computer analysis were performed and afford good repeatability and reproducibility. The present study showed that if an appropriate number of comet results (N=100) is evaluated using LUCIA image analysis, there are no statistically significant differences among operators of various levels of experience. Using public domain software CASP, the results showed a consistent tendency to provide lower average values for the studied variable (% tail DNA) compared with LUCIA software. Yet, this tendency was shown to be statistically insignificant for a majority of comets. If limited to a sub-sample of less damaged comets, the software comparison was statistically significant. This together with the fact that CASP was unable to process heavily damaged comets (>90 % tail DNA) may bring certain limitations to the use of CASP combined with presented protocol. In many respects, the results of analysis using CASP are comparable with the values obtained using the LUCIA software.