GAJDOŠ, Martin, Michal MIKL a Radek MAREČEK. mask_explorer_2 - Nástroj v Matlabu pro exploraci datasetů při skupinové fMRI analýze. 2015.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název mask_explorer_2 - Nástroj v Matlabu pro exploraci datasetů při skupinové fMRI analýze
Autoři GAJDOŠ, Martin (203 Česká republika, garant, domácí), Michal MIKL (203 Česká republika, domácí) a Radek MAREČEK (203 Česká republika, domácí).
Vydání 2015.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Software
Obor 30000 3. Medical and Health Sciences
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW Adresa stránky se software
Kód RIV RIV/00216224:14740/15:00080685
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Klíčová slova anglicky fMRI; functional magnetic resonance; group analysis; fMRI dataset explorer; SPM
Technické parametry Software mask_explorer_2 je updatovaná verze software mask_explorer_1, jde o volně dostupný software pro skupinu vědeckých pracovníků v oboru neurovědy, neurologie a neurochirurgie. Toolbox byl vytvořen v programovacím jazyce programu Matlab 7.8.0.347 (R2009a) s toolboxem SPM8. Software je volně šiřitelný za podmínek licence GNU GPL, viz https://www.gnu.org/licenses/old-licenses/gpl-2.0
Štítky rivok
Změnil Změnil: Ing. Martin Gajdoš, Ph.D., učo 273034. Změněno: 3. 3. 2015 17:19.
Anotace
Software mask_explorer_2 is update of the release mask_explorer_1. New features of the update are: 1. Menu with functions in top of GUI window. 2. Importing and exporting coordinates (*.mat files). 3. Listbox with coordinates reacts on mouse right clicks and keyboard to interactively change selected coordinate as actual. 4. Batch mode for creating masks. 5. Report of suitable masks can be exported to xls or txt. 6. Compatibility with SPM12b, SPM12, Matlab R2013b and Matlab R2014b. This software is written to explore fMRI datasets and to find inconsistences in fMRI data. It is suitable especially for group analyses. Inconsistent data (e.g. in form of missing data from single subject or revealing failed steps in preprocessing of fMRI data of some subjects) can lead to irrelevant conclusions. Software was written in Matlab (originally in version 7.14.0.739 (R2012a)) and uses parts of toolbox SPM (originally SPM8 (version 4290)) Compatibility to newer versions of Matlab (2013b, 2014b) and SPM (12b and 12) was tested. User can on left side of GUI load data (Load masks or cons) from several subjects (NIFTI, ANALYZE). Loaded inputs are used to create parametric map. Its values show number of datasets with spatially valid information. This map (GSBC) and group mask (GCMS) can mask_explorer_2 save. Several pseudocoloring modes, thresholding options and transparency options are available. ‘Load background’ loads background image (NIFTI). ‘Load any overlay’ loads NIFTI file or statistical parametric map (products of SPM8). ‚Add coordinate‘ ‚Clear coordinate‘ and ‚Clear all coordinates‘ set list of coordinates where it is necessary to check the validity of loaded data. Coordinates are in [mm] in MNI space. Names of unsuitable files are displayed in list ‘Unsuitable masks’. Coordinates ‘Point coordinate [voxel]’ are coordinates of voxel of background image, targeted by crosshair. Mask_explorer_2 can export list of unsuitable masks to *.xls or *.txt files.
Návaznosti
GA14-33143S, projekt VaVNázev: Vliv fyziologických procesů na reliabilitu a časovou proměnlivost konektivity v lidském mozku měřené pomocí fMRI
Investor: Grantová agentura ČR, Vliv fyziologických procesů na reliabilitu a časovou proměnlivost konektivity v lidském mozku měřené pomocí fMRI
VytisknoutZobrazeno: 18. 9. 2024 23:08