2014
Next-generation sequencing and genome characterization of red clover and its wild relative zig-zag clover
ŘEPKOVÁ, Jana; Jan IŠTVÁNEK; Jan NEDĚLNÍK; Hana JAKEŠOVÁ; Jana DLUHOŠOVÁ et al.Základní údaje
Originální název
Next-generation sequencing and genome characterization of red clover and its wild relative zig-zag clover
Název česky
Sekvenování další generace a charakterizace genomu jetele lučního a planého příbuzného druhu jetele prostředního
Autoři
ŘEPKOVÁ, Jana; Jan IŠTVÁNEK; Jan NEDĚLNÍK; Hana JAKEŠOVÁ a Jana DLUHOŠOVÁ
Vydání
United Kingdom, International Conference on ENHANCED GENEPOOL UTILIZATION - Capturing wild relative and landrace diversity for crop improvement, Cambridge, United Kingdom, 16-20 June 2014. Book of Abstracts. od s. 91-92, 2 s. 2014
Nakladatel
Bioversity International, Rome, Italy
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele
Velká Británie a Severní Irsko
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
elektronická verze "online"
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/14:00073258
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
ISBN
978-92-9043-995-0
Klíčová slova česky
Trifolium pratense; Trifolium medium; de novo sekvenování; SNP; SSR
Klíčová slova anglicky
Trifolium pratense; Trifolium medium; de novo sequencing; SNP; SSR
Změněno: 15. 4. 2015 15:59, Ing. Andrea Mikešková
V originále
The genus Trifolium is classified taxonomically into the agronomically outstanding Fabaceae family. It comprises species known as clovers, both wild and cultivated. Recently, interspecific hybridization of tetraploid red clover with related wild octoploid zig-zag clover (T. medium) has been used for the introgression of useful traits into red clover. De novo assembly of the T. pratense genome after Illumina sequencing was achieved. The current assembly comprises ~314.6 Mbp of draft nucleotide sequence. Overall, 47398 protein coding genes were annotated from 64761 predicted genes. Resistance genes, genes for leghemoglobins and nodule-specific cystein-rich peptides were identified. Sequencing data of T. medium were obtained with average genome coverage 20.7x (x = 3.5 Gbp). Species-specific SNP calling for coding sequences was performed and over 924837 SNPs between parental genotypes used for hybridization were discovered. Species-specific DNA markers for T. pratense (23299) and T. medium (1177) was gained. Detailed SSR catalogue is available for coding sequences and exons.
Česky
Rod Trifolium je taxonomicky klasifikován do čeledě Fabaceae. Obsahuje druhy známé jako jetel, kulturní I plané. Mezidruhová hybridizace tetraploidního jetele lučního a příbuzným oktoploidním jetelem prostředním (T. medium) byla provedena s cílem introgrese vhodných znaků do jetele lučního. Byla provedena de novo assembly genomu T. pratense po jeho osekvenování metodou Illumina. Současná assembly zahrnuje ~314.6 Mbp. Celkem bylo anotováno 47398 genů kódující protein z 64761 předpovězených genů. Byly identifikovány geny rezistence, geny pro leghemoglobin a geny kódující peptidy bohaté na cystein specifické pro hlízky. Byla získána sekvenační data pro T. medium s pokrytím genomu 20,7x (x = 3,5 Gbp). Byly získány druhově specifické SNP v kódujících sekvencích (23299 pro T. pratense a 1177 pro T. medium) a 924837 SNP mezi genotypy křížených druhů T. pratense a T. medium. Pro kódující sekvence a exony byl vytvořen katalog markerů SSR.
Návaznosti
| EE2.4.31.0155, projekt VaV |
| ||
| QI111A019, projekt VaV |
|