a 2014

Srovnávací analýza repetitivních sekvencí Trifolium pratense a Trifolium medium sekvenováním nové generace

DLUHOŠOVÁ, Jana a Jana ŘEPKOVÁ

Základní údaje

Originální název

Srovnávací analýza repetitivních sekvencí Trifolium pratense a Trifolium medium sekvenováním nové generace

Název česky

Srovnávací analýza repetitivních sekvencí Trifolium pratense a Trifolium medium sekvenováním nové generace

Název anglicky

Comparative analysis of Trifolium pratense and Trifolium medium repetitive elements by next-generation sequencing

Autoři

Vydání

Genetická konference GSGM 2014, 2014

Další údaje

Jazyk

čeština

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

Genetika a molekulární biologie

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Označené pro přenos do RIV

Ano

Kód RIV

RIV/00216224:14310/14:00073261

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova česky

Trifolium; jetel; repetitivní elementy; sekvenace; NGS; FISH; cytogenetika

Klíčová slova anglicky

Trifolium; clover; repetitive elements; sequencing; NGS; FISH; cytogenetics
Změněno: 5. 3. 2015 14:08, Mgr. Jana Dluhošová

Anotace

ORIG EN

V originále

Rod Trifolium (jetel) je jedním z agronomicky důležitých rodů čeledi Fabaceae. V České republice patří mezi nejvýznamnější zástupce jetel luční (T. pratense L.), který je kvalitní pícninou poskytující vysoké výnosy. Pro překonání nízké vytrvalosti byla v nedávné době provedena úspěšná mezidruhová hybridizace tetraploidního jetele lučního odrůdy Tatra (2n = 4x = 28) s planým oktoploidním jetelem prostředním (T. medium L.; 2n = 8x = 64). U obou druhů bylo provedeno sekvenování metodou Illumina a bioinformatická analýza získaných sekvencí s cílem charakterizovat repetitivní elementy. Druhová specifita byla potvrzena celkem u 2 elementů jetele lučního a 20 elementů jetele prostředního. Uvedené repetitivní elementy byly také lokalizovány na chromozomy příslušného druhu pomocí fluorescenční in situ hybridizace (FISH).

Anglicky

Red clover (T. pratense L.) is one of the most important forage crops in the Czech Republic. For improvement of its low persistence a succesful interspecific hybridization of tetraploid variety Tatra (2n = 4x = 28) and a wild octoploid zigzag clover (T. medium L.; 2x = 8n = 64) was performed. Both species were sequenced using Illumina platform and a bioinformatic analysis of repetitive elements was conducted. A total of 2 and 20 species-specific repetitive elements were validates and localized on chromozomes of red clover and zigzad clover by fluorescent in situ hybridization (FISH).

Návaznosti

CZ.1.07/2.4.00/31.0155, interní kód MU
Název: Partnerství a sítě pro spolupráci v experimentální biologii (Akronym: PASSEB)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Partnerství a sítě pro spolupráci v experimentální biologii, 2.4 Partnerství a sítě
QI111A019, projekt VaV
Název: Nové genomické postupy pro šlechtění cizosprašných plodin na zlepšení užitkových vlastností (Akronym: HJ2010)
Investor: Ministerstvo zemědělství ČR, Nové genomické postupy pro šlechtění cizosprašných plodin na zlepšení užitkových vlastností, Udržitelný rozvoj agrárního sektoru