Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele

DLUHOŠOVÁ, Jana, Lenka PÁTKOVÁ, Jan IŠTVÁNEK, Martina SOLDÁNOVÁ a Jana ŘEPKOVÁ. Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele. In Michaela Wimerová; Jan Komárek. XVI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. První. Brno: Masarykova univerzita, 2014, s. 58-59. ISBN 978-80-210-7340-1.

Základní údaje

• Originální název: Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele
• Název česky: Využití diverzity mikrosatelitních lokusů získaných sekvenováním další generace u jetele
• Název anglicky: Utilization of diversity in SSR loci from next-generation sequencing in Trifolium
• Autoři: DLUHOŠOVÁ, Jana (203 Česká republika, domácí), Lenka PÁTKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jan IŠTVÁNEK (203 Česká republika, domácí), Martina SOLDÁNOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jana ŘEPKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
• Vydání: První. Brno, XVI. Setkání biochemiků a molekulárních biologů, s. 58-59, 2014.
• Nakladatel: Masarykova univerzita

Další údaje

• Originální jazyk: čeština
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: Genetika a molekulární biologie
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Forma vydání: tištěná verze "print"
• Kód RIV: RIV/00216224:14310/14:00073262
• Organizační jednotka: Přírodovědecká fakulta
• ISBN: 978-80-210-7340-1
• Klíčová slova česky: Trifolium; jetel; sekvenace; NGS; SSR; PIC; diverzita
• Klíčová slova anglicky: Trifolium; clover; sequencing; NGS; SSR; PIC; diversity

Anotace

Jetel luční (T. pratense L.) je jednou z nejvýznamnějších pícnin v České republice. Genomy jetelů jsou kvůli cizosprašnosti a silné gametofytické inkompatibilitě vysoce variabilní a polymorfní. Pro sekvenaci pomocí platformy Illumina byla vybrána diploidní odrůda jetele lučního Start (2n = 14, 418 Mbp). Ve výsledných poskládaných kontizích byly pomocí programu SSRLocator vyhledány mikrosatelitní lokusy, z kterých bylo odvozeno celkem 69 714 SSR markerů. Pro validaci na 39 českých odrůdách jetele lučního byl vybrán soubor celkem 99 SSR markerů. 16 vysoce polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení vnitrodruhové diverzity a identifikaci 26 českých odrůd jetele lučního. 8 vybraných polymorfních markerů bylo použito pro hodnocení variability hybridní odrůdy Pramedi pomocí koeficientu PIC (polymorphic information content).

Anotace anglicky

Red clover (T. pratense L.) is one of the most important forage crops in the Czech Republic. Clover genomes are highly variable and polymorphic because of their alogamy and strong gametophytic self-incompatibility. A diploid variety Start (T. pratense, 2n = 14, 418 Mbp) was selected for whole-genome sequencing by Illumina. Assemblied contigs were searched by SSRLocator for microsatelite loci, which were used for design of 69 714 SSR markers. Validation of selected 99 SSR markers was conducted on a set of 39 czech red clover varieties. 16 highly polymorphic markers were used to asses intraspecific diversity and identification of 26 czech varieties. 8 selected polymorphic markers were used to estimate variability of hybrid varienty Pramedi using a PIC (Polymorphic Information Content) value.

Návaznosti

• EE2.4.31.0155, projekt VaV: Název: Partnerství a sítě pro spolupráci v experimentální biologii
• QI111A019, projekt VaV: Název: Nové genomické postupy pro šlechtění cizosprašných plodin na zlepšení užitkových vlastností (Akronym: HJ2010)

Investor: Ministerstvo zemědělství ČR, Nové genomické postupy pro šlechtění cizosprašných plodin na zlepšení užitkových vlastností, Udržitelný rozvoj agrárního sektoru