2014
p- SRM, SWATH a HRM – cílené proteomické přístupy na hmotnostním spektrometru TripleTOF 5600+ a jejich aplikace v onkologickém výzkumu
FAKTOR, Jakub; Eva MICHALOVÁ a Pavel BOUCHALZákladní údaje
Originální název
p- SRM, SWATH a HRM – cílené proteomické přístupy na hmotnostním spektrometru TripleTOF 5600+ a jejich aplikace v onkologickém výzkumu
Název anglicky
p- SRM, SWATH and HRM – Targeted Proteomics Approaches on TripleTOF 5600+ Mass Spectrometer and Their Applications in Oncology Research
Autoři
FAKTOR, Jakub; Eva MICHALOVÁ a Pavel BOUCHAL
Vydání
Klinická onkologie, Brno, Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, 2014, 0862-495X
Další údaje
Jazyk
čeština
Typ výsledku
Článek v odborném periodiku
Obor
10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14310/14:00074499
Organizační jednotka
Přírodovědecká fakulta
Klíčová slova anglicky
proteomics; selected reaction monitoring; oncology; SWATH; biomarkers; molecula diagnostics
Příznaky
Recenzováno
Změněno: 10. 4. 2015 14:37, Ing. Andrea Mikešková
V originále
Vývoj diagnostických a terapeutických přístupů v onkologii vyžaduje, kromě jiného, citlivé kvantitativní přístupy pro stanovení proteinů souvisejících s nádorovými procesy v klinických vzorcích. V tomto článku jsou představeny nové kvantitativní metody cílené proteomiky. Hlavní potenciál metod monitorování vybraných reakcí (SRM) a pseudo- SRM spočívá v kvantifi kaci předem vybraných proteinů ve větších souborech vzorků s vysokou citlivostí a selektivitou, čímž představují alternativu ke stávajícím imunochemickým přístupům. Potenciál HRM a SWATH spočívá naopak v získávání digitálních proteomických fi ngerprintů, z nichž je následně možné extrahovat kvantitativní proteomická data na podobném principu jako u SRM. Článek představuje aplikace uvedených metod v řadě studií z oblasti onkologického výzkumu, kde byly použity ke stanovení a validaci stávajících i nově navrhovaných proteinových bio markerů a při studiu jejich úlohy v mechanizmu vzniku a vývoje nádorů.
Anglicky
Development of novel diagnostic and therapeutic approaches in cancer research requires sensitive and quantitative assays for determination of cancer-associated proteins in clinical samples. Novel quantitative targeted proteomic approaches are overviewed in this communication. A major advantage of selected reaction monitoring (SRM) and pseudo- SRM lies in the selective and sensitive quantifi cation of selected proteins in large sample sets. As such, they represent an alternative to immunochemical approaches. On the other hand, the potential of HRM and SWATH lies in recording of digital fi ngerprints, which enable post-acquisition quantitative proteomic data mining on a similar basis to SRM. This article shows applications of targeted proteomics in a number of cancer research studies where they were used for quantifi cation and validation of current or potential protein bio markers and to study their role in cancer development and progression.
Návaznosti
| GA14-19250S, projekt VaV |
|