a 2015

Single-cell analysis of long-range interactions of POU5F1 foci in hESC cells

STEJSKAL, Stanislav; Bára SZAROWSKÁ; Lenka TESAŘOVÁ; Pavel ŠIMARA; Irena KRONTORÁD KOUTNÁ et al.

Základní údaje

Originální název

Single-cell analysis of long-range interactions of POU5F1 foci in hESC cells

Název česky

Single-cell analýza vzdálených interaktomů s POU5F1 v hESC liniích

Autoři

STEJSKAL, Stanislav; Bára SZAROWSKÁ; Lenka TESAŘOVÁ; Pavel ŠIMARA a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ

Vydání

EMBL konference: Frontiers in Stec Cells and Cancer, 2015

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10601 Cell biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova česky

Single-cell analyza, long-range interakce, POU5F1, hESC, FISH

Klíčová slova anglicky

Single-cell analysis, long-range interactions, POU5F1, hESC, FISH
Změněno: 2. 3. 2018 10:00, Mgr. Pavel Šimara, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

In the interphase nuclei, the chromosome territories are organized into the domains and chromatin loops. The chromatin loops are able to intermingle together to facilitate gene regulation in mutual nuclear sub-compartments. Stabilization of the genomic fibers in areas with increased transcription factors concentration also contributes to the high-order chromatin organization in the interphase nuclei. The communication between the chromatin regions mostly occurrs between the proximal genomic areas, but in some cases, the distal or the interchromosomal interactions were observed. Origin and the dynamics of those long-range genomic interactions are unknown. We are focused on the single cell analysis of long-range interactions with POU5F1(OCT4) gene in human embryonic stem cells (hESCs). According to the Chromatin Conformation Capture study (F. Gao, et al., Nature, 2013) we chose 5 candidates with distal interaction with POU5F1 gene. Fluorescent tagged probes (for the genomic regions that surrounded genes for POU5F1, MSX1, RARG, RUNX and TLE2) were used for visualization of genomic localization in the 3D fixed nuclei.

Česky

In the interphase nuclei, the chromosome territories are organized into the domains and chromatin loops. The chromatin loops are able to intermingle together to facilitate gene regulation in mutual nuclear sub-compartments. Stabilization of the genomic fibers in areas with increased transcription factors concentration also contributes to the high-order chromatin organization in the interphase nuclei. The communication between the chromatin regions mostly occurrs between the proximal genomic areas, but in some cases, the distal or the interchromosomal interactions were observed. Origin and the dynamics of those long-range genomic interactions are unknown. We are focused on the single cell analysis of long-range interactions with POU5F1(OCT4) gene in human embryonic stem cells (hESCs). According to the Chromatin Conformation Capture study (F. Gao, et al., Nature, 2013) we chose 5 candidates with distal interaction with POU5F1 gene. Fluorescent tagged probes (for the genomic regions that surrounded genes for POU5F1, MSX1, RARG, RUNX and TLE2) were used for visualization of genomic localization in the 3D fixed nuclei.

Návaznosti

CZ.1.07/2.3.00/30.0030, interní kód MU
Název: Rozvoj lidských zdrojů pro oblast buněčné biologie
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Rozvoj lidských zdrojů pro oblast buněčné biologie, 2.3 Lidské zdroje ve výzkumu a vývoji
GBP302/12/G157, projekt VaV
Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii
Investor: Grantová agentura ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii
MUNI/C/0993/2013, interní kód MU
Název: Regulace aktivity nádorového supresoru p53 syntetickými inhibitory CDK (Akronym: Nádorový supresor p53)
Investor: Masarykova univerzita, Regulace aktivity nádorového supresoru p53 syntetickými inhibitory CDK, DO R. 2020 - Program rektora