Single-cell analysis of long-range interactions of POU5F1 foci in hESC cells

STEJSKAL, Stanislav, Bára SZAROWSKÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Pavel ŠIMARA a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ. Single-cell analysis of long-range interactions of POU5F1 foci in hESC cells. In EMBL konference: Frontiers in Stec Cells and Cancer. 2015.

Základní údaje

• Originální název: Single-cell analysis of long-range interactions of POU5F1 foci in hESC cells
• Název česky: Single-cell analýza vzdálených interaktomů s POU5F1 v hESC liniích
• Autoři: STEJSKAL, Stanislav, Bára SZAROWSKÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Pavel ŠIMARA a Irena KRONTORÁD KOUTNÁ.
• Vydání: EMBL konference: Frontiers in Stec Cells and Cancer, 2015.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10601 Cell biology
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• Klíčová slova česky: Single-cell analyza, long-range interakce, POU5F1, hESC, FISH
• Klíčová slova anglicky: Single-cell analysis, long-range interactions, POU5F1, hESC, FISH

Anotace

In the interphase nuclei, the chromosome territories are organized into the domains and chromatin loops. The chromatin loops are able to intermingle together to facilitate gene regulation in mutual nuclear sub-compartments. Stabilization of the genomic fibers in areas with increased transcription factors concentration also contributes to the high-order chromatin organization in the interphase nuclei. The communication between the chromatin regions mostly occurrs between the proximal genomic areas, but in some cases, the distal or the interchromosomal interactions were observed. Origin and the dynamics of those long-range genomic interactions are unknown. We are focused on the single cell analysis of long-range interactions with POU5F1(OCT4) gene in human embryonic stem cells (hESCs). According to the Chromatin Conformation Capture study (F. Gao, et al., Nature, 2013) we chose 5 candidates with distal interaction with POU5F1 gene. Fluorescent tagged probes (for the genomic regions that surrounded genes for POU5F1, MSX1, RARG, RUNX and TLE2) were used for visualization of genomic localization in the 3D fixed nuclei.

Anotace česky

In the interphase nuclei, the chromosome territories are organized into the domains and chromatin loops. The chromatin loops are able to intermingle together to facilitate gene regulation in mutual nuclear sub-compartments. Stabilization of the genomic fibers in areas with increased transcription factors concentration also contributes to the high-order chromatin organization in the interphase nuclei. The communication between the chromatin regions mostly occurrs between the proximal genomic areas, but in some cases, the distal or the interchromosomal interactions were observed. Origin and the dynamics of those long-range genomic interactions are unknown. We are focused on the single cell analysis of long-range interactions with POU5F1(OCT4) gene in human embryonic stem cells (hESCs). According to the Chromatin Conformation Capture study (F. Gao, et al., Nature, 2013) we chose 5 candidates with distal interaction with POU5F1 gene. Fluorescent tagged probes (for the genomic regions that surrounded genes for POU5F1, MSX1, RARG, RUNX and TLE2) were used for visualization of genomic localization in the 3D fixed nuclei.

Návaznosti

• CZ.1.07/2.3.00/30.0030, interní kód MU: Název: Rozvoj lidských zdrojů pro oblast buněčné biologie

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Rozvoj lidských zdrojů pro oblast buněčné biologie, 2.3 Lidské zdroje ve výzkumu a vývoji

• GBP302/12/G157, projekt VaV: Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii

Investor: Grantová agentura ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii

• MUNI/C/0993/2013, interní kód MU: Název: Regulace aktivity nádorového supresoru p53 syntetickými inhibitory CDK (Akronym: Nádorový supresor p53)

Investor: Masarykova univerzita, Regulace aktivity nádorového supresoru p53 syntetickými inhibitory CDK, DO R. 2020 - Program rektora