BYŠKA, Jan, Ivana KOLINGEROVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří SOCHOR. Path-planning algorithm for transportation of molecules through protein tunnel bottlenecks. In Joaquim Jorge, Luis Paulo Santos, Roman Ďurikovič. 31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics. Bratislava, Slovakia: ACM, 2015. s. 81-88. ISBN 978-1-4503-3693-2. doi:10.1145/2788539.2788550.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Path-planning algorithm for transportation of molecules through protein tunnel bottlenecks
Autoři BYŠKA, Jan (203 Česká republika, domácí), Ivana KOLINGEROVÁ (203 Česká republika), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Bratislava, Slovakia, 31st Proceedings of Spring Conference on Computer Graphics, od s. 81-88, 8 s. 2015.
Nakladatel ACM
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Slovensko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
Kód RIV RIV/00216224:14330/15:00080779
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-1-4503-3693-2
Doi http://dx.doi.org/10.1145/2788539.2788550
UT WoS 000380609300011
Klíčová slova anglicky Path planning;protein;tunnel;approximation
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 1. 4. 2021 12:09.
Anotace
We present a simple and fast path planning algorithm for transportation of a set of tightly connected sphere objects (a small molecule) through a narrow gap. In our approach we are using common sampling-based path planning, however, instead of sampling the entire configuration space, we estimate which subsets of this space must be crossed on the desired path. In comparison with other methods using minimal bounding volumes, we improve the algorithm accuracy for arbitrary shaped molecules and significantly reduce the number of generated samples as well as time cost of path planning. We have accomplished a number of tests on scenes formed by proteins and ligand molecules. The results suggest that the proposed method works well in practice and the number of generated samples is substantially lower then the proved upper bound.
Návaznosti
GAP202/10/1435, projekt VaVNázev: Analýza a vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur
LC06008, projekt VaVNázev: Centrum počítačové grafiky (Akronym: CPG)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CPG - Centrum počítačové grafiky
MUNI/A/1206/2014, interní kód MUNázev: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKOMU)
Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 06:23