BYŠKA, Jan, Adam JURČÍK, Eduard M. GRÖLLER, Ivan VIOLA a Barbora KOZLÍKOVÁ. MoleCollar and Tunnel Heat Map Visualizations for Conveying Spatio-Temporo-Chemical Properties Across and Along Protein Voids. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2015, roč. 34, č. 3, s. 1-10. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.12612.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název MoleCollar and Tunnel Heat Map Visualizations for Conveying Spatio-Temporo-Chemical Properties Across and Along Protein Voids
Autoři BYŠKA, Jan (203 Česká republika, domácí), Adam JURČÍK (203 Česká republika, domácí), Eduard M. GRÖLLER (40 Rakousko), Ivan VIOLA (703 Slovensko) a Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Computer Graphics Forum, Wiley-Blackwell, 2015, 0167-7055.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Švýcarsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 1.542
Kód RIV RIV/00216224:14330/15:00083057
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1111/cgf.12612
UT WoS 000358328200003
Klíčová slova anglicky protein;tunnel;heat map;molecular dynamics
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 2. 5. 2016 06:09.
Anotace
Studying the characteristics of proteins and their inner void space, including their geometry, physico-chemical properties and dynamics are instrumental for evaluating the reactivity of the protein with other small molecules. The analysis of long simulations of molecular dynamics produces a large number of voids which have to be further explored and evaluated. In this paper we propose three new methods: two of them convey important properties along the long axis of a selected void during molecular dynamics and one provides a comprehensive picture across the void. The first two proposed methods use a specific heat map to present two types of information: an overview of all detected tunnels in the dynamics and their bottleneck width and stability over time, and an overview of a specific tunnel in the dynamics showing the bottleneck position and changes of the tunnel length over time. These methods help to select a small subset of tunnels, which are explored individually and in detail. For this stage we propose the third method, which shows in one static image the temporal evolvement of the shape of the most critical tunnel part, i.e., its bottleneck. This view is enriched with abstract depictions of different physicochemical properties of the amino acids surrounding the bottleneck. The usefulness of our newly proposed methods is demonstrated on a case study and the feedback from the domain experts is included. The biochemists confirmed that our novel methods help to convey the information about the appearance and properties of tunnels in a very intuitive and comprehensible manner.
Návaznosti
7AMB15AT018, projekt VaVNázev: Vizualizace a interaktivní prozkoumávání dynamického chování velkých molekulárních systémů
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vizualizace a interaktivní prozkoumávání dynamického chování velkých molekulárních systémů
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 07:01