Informační systém Masarykovy univerzity 

Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models

česky | in English

BRIM, Luboš, Juraj NIŽNAN a David ŠAFRÁNEK. Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models. In 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2014). 316. vyd. Neuveden: Elsevier, 2015. s. 17-27, 11 s. ISSN 1571-0661. doi:10.1016/j.entcs.2015.06.008.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models
Autoři BRIM, Luboš (203 Česká republika, domácí), Juraj NIŽNAN (703 Slovensko, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání 316. vyd. Neuveden, 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2014), od s. 17-27, 11 s. 2015.
Nakladatel Elsevier
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek ve sborníku
Obor Informatika
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání elektronická verze "online"
Kód RIV RIV/00216224:14330/15:00083221
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISSN 1571-0661
Doi http://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2015.06.008
Klíčová slova anglicky Biological models; model annotation; systems biology; simulation; database
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 6. 5. 2016 03:32.
Anotace
Traditional mathematical models of photosynthesis are based on mass action kinetics of light reactions. This approach requires the modeller to enumerate all the possible state combinations of the modelled chemical species. This leads to combinatorial explosion in the number of reactions although the structure of the model could be expressed more compactly. We explore the use of rule-based modelling, in particular, a simplified variant of Kappa, to compactly capture and automatically reduce existing mathematical models of photosynthesis. Finally, the reduction procedure is implemented in BioNetGen language and demonstrated on several ODE models of photosynthesis processes.
Návaznosti
EE2.3.20.0256, projekt VaVNázev: Vytvoření výzkumného týmu a mezinárodního konzorcia pro počítačový model buňky sinice
VytisknoutZobrazeno: 20. 9. 2017 23:39

Relevantní odkazy 


Nahoru | Aktuální datum a čas: 20. 9. 2017 23:39, 38. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému