2015
Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models
BRIM, Luboš; Juraj NIŽNAN a David ŠAFRÁNEKZákladní údaje
Originální název
Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models
Autoři
BRIM, Luboš; Juraj NIŽNAN a David ŠAFRÁNEK
Vydání
316. vyd. Neuveden, 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2014), od s. 17-27, 11 s. 2015
Nakladatel
Elsevier
Další údaje
Jazyk
angličtina
Typ výsledku
Stať ve sborníku
Obor
10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele
Česká republika
Utajení
není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání
elektronická verze "online"
Označené pro přenos do RIV
Ano
Kód RIV
RIV/00216224:14330/15:00083221
Organizační jednotka
Fakulta informatiky
ISSN
UT WoS
EID Scopus
Klíčová slova anglicky
Biological models; model annotation; systems biology; simulation; database
Příznaky
Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 6. 5. 2016 03:32, RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D.
Anotace
V originále
Traditional mathematical models of photosynthesis are based on mass action kinetics of light reactions. This approach requires the modeller to enumerate all the possible state combinations of the modelled chemical species. This leads to combinatorial explosion in the number of reactions although the structure of the model could be expressed more compactly. We explore the use of rule-based modelling, in particular, a simplified variant of Kappa, to compactly capture and automatically reduce existing mathematical models of photosynthesis. Finally, the reduction procedure is implemented in BioNetGen language and demonstrated on several ODE models of photosynthesis processes.
Návaznosti
| EE2.3.20.0256, projekt VaV |
|