BYŠKA, Jan, Mathieu Le MUZIC, Eduard GRÖLLER, Ivan VIOLA a Barbora KOZLÍKOVÁ. AnimoAminoMiner: Exploration of Protein Tunnels and their Properties in Molecular Dynamics. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE, 2016, roč. 22, č. 1, s. 747-756. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2015.2467434.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název AnimoAminoMiner: Exploration of Protein Tunnels and their Properties in Molecular Dynamics
Autoři BYŠKA, Jan (203 Česká republika, domácí), Mathieu Le MUZIC (250 Francie), Eduard GRÖLLER (40 Rakousko), Ivan VIOLA (703 Slovensko) a Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics, IEEE, 2016, 1077-2626.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 2.840
Kód RIV RIV/00216224:14330/16:00089099
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1109/TVCG.2015.2467434
UT WoS 000364043400080
Klíčová slova anglicky protein;aggregation;interaction;molecular dynamics;tunnel
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 2. 5. 2016 06:31.
Anotace
In this paper we propose a novel method for the interactive exploration of protein tunnels. The basic principle of our approach is that we entirely abstract from the 3D/4D space the simulated phenomenon is embedded in. A complex 3D structure and its curvature information is represented only by a straightened tunnel centerline and its width profile. This representation focuses on a key aspect of the studied geometry and frees up graphical estate to key chemical and physical properties represented by surrounding amino acids. The method shows the detailed tunnel profile and its temporal aggregation. The profile is interactively linked with a visual overview of all amino acids which are lining the tunnel over time. In this overview, each amino acid is represented by a set of colored lines depicting the spatial and temporal impact of the amino acid on the corresponding tunnel. This representation clearly shows the importance of amino acids with respect to selected criteria. It helps the biochemists to select the candidate amino acids for mutation which changes the protein function in a desired way. The AnimoAminoMiner was designed in close cooperation with domain experts. Its usefulness is documented by their feedback and a case study, which are included.
Návaznosti
MUNI/A/1206/2014, interní kód MUNázev: Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKOMU)
Investor: Masarykova univerzita, Zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
7AMB15AT018, projekt VaVNázev: Vizualizace a interaktivní prozkoumávání dynamického chování velkých molekulárních systémů
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vizualizace a interaktivní prozkoumávání dynamického chování velkých molekulárních systémů
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 06:58