PAVELKA, Antonín, Eva ŠEBESTOVÁ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Jiří SOCHOR a Jiří DAMBORSKÝ. CAVER: Algorithms for Analyzing Dynamics of Tunnels in Macromolecules. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. IEEE Computer Society, 2016, roč. 13, č. 3, s. 505 - 517. ISSN 1545-5963. doi:10.1109/TCBB.2015.2459680.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název CAVER: Algorithms for Analyzing Dynamics of Tunnels in Macromolecules
Autoři PAVELKA, Antonín (203 Česká republika, garant, domácí), Eva ŠEBESTOVÁ (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, domácí).
Vydání IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, IEEE Computer Society, 2016, 1545-5963.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 1.955
Kód RIV RIV/00216224:14330/16:00089113
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2015.2459680
UT WoS 000378528100010
Klíčová slova anglicky tunnel; pore; channel; pathway; macromolecule; molecular dynamics; CAVER; Voronoi diagram; Delaunay triangulation; average link hierarchical clustering
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 05:44.
Anotace
The biological function of a macromolecule often requires that a small molecule or ion is transported through its structure. The transport pathway often leads through void spaces in the structure. The properties of transport pathways change significantly in time; therefore the analysis of a trajectory from molecular dynamics rather than of a single static structure is needed for understanding the function of pathways. The identification and analysis of transport pathways are challenging because of the high complexity and diversity of macromolecular shapes, the thermal motion of their atoms, and the large amount of conformations needed to properly describe conformational space of protein structure. In this paper, we describe the principles of the CAVER 3.0 algorithms for the identification and analysis of properties of transport pathways both in static and dynamic structures. Moreover, we introduce the improved clustering solution for finding tunnels in macromolecules, which is included in the latest CAVER 3.02 version. Voronoi diagrams are used to identify potential pathways in each snapshot of a molecular dynamics trajectory and clustering is then used to find the correspondence between tunnels from different snapshots. Furthermore, the geometrical properties of pathways and their evolution in time are computed and visualized.
Návaznosti
EE2.3.30.0037, projekt VaVNázev: Zaměstnáním nejlepších mladých vědců k rozvoji mezinárodní spolupráce
LM2010005, projekt VaVNázev: Velká infrastruktura CESNET (Akronym: VI CESNET)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velká infrastruktura CESNET
LO1214, projekt VaVNázev: Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí (Akronym: RECETOX)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum pro výzkum toxických látek v prostředí
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 04:15