ŠAFRÁNEK, David. Parameter Synthesis by Model Checking in Formal Biochemical Space. In IST Austria Henzinger Group Seminar. 2015.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Parameter Synthesis by Model Checking in Formal Biochemical Space
Autoři ŠAFRÁNEK, David (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání IST Austria Henzinger Group Seminar, 2015.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Vyžádané přednášky
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14330/15:00084271
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Klíčová slova anglicky model checking; parameter synthesis
Příznaky Mezinárodní význam
Změnil Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 11:16.
Anotace
Many quantitative dynamical models in computational systems biology are represented in the form of ordinary differential equations. Most of them are based on known first principles and are highly parametrized. Suitable wet-lab measurements and existing hypotheses about the modelled phenomena can be represented in a temporal logic and considered as constraints for the admissible parameters. Model checking and monitoring techniques known from formal verification can be used to synthesise model parameters that guarantee a given set of temporal properties. In this talk we present the scalable coloured model checking approach for parameter synthesis from LTL and CTL specifications. The method will be presented in the context of formal biochemical space that attempts to avoid the gap between formal methods and biology. On the practical side, application of the method to several biological problems will be given.
VytisknoutZobrazeno: 19. 9. 2024 05:47