ČEJKOVÁ, Darina, Michal STROUHAL, Steven J. NORRIS, George M. WEINSTOCK a David ŠMAJS. A Retrospective Study on Genetic Heterogeneity within Treponema Strains: Subpopulations Are Genetically Distinct in a Limited Number of Positions. PLoS Neglected Tropical Diseases, San Francisco: Public Library of Science, 2015, roč. 9, č. 10, s. 1-19. ISSN 1935-2735. doi:10.1371/journal.pntd.0004110.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název A Retrospective Study on Genetic Heterogeneity within Treponema Strains: Subpopulations Are Genetically Distinct in a Limited Number of Positions
Autoři ČEJKOVÁ, Darina (203 Česká republika, domácí), Michal STROUHAL (203 Česká republika, domácí), Steven J. NORRIS (840 Spojené státy americké), George M. WEINSTOCK (840 Spojené státy americké) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání PLoS Neglected Tropical Diseases, San Francisco, Public Library of Science, 2015, 1935-2735.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Spojené státy americké
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 3.948
Kód RIV RIV/00216224:14110/15:00081223
Organizační jednotka Lékařská fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1371/journal.pntd.0004110
UT WoS 000364459600023
Klíčová slova anglicky PALLIDUM SUBSP PALLIDUM; COMPLETE GENOME SEQUENCE; BURROWS-WHEELER TRANSFORM; OUTER-MEMBRANE PROTEIN; ANTIGENIC VARIATION; ESCHERICHIA-COLI; MYCOBACTERIUM-TUBERCULOSIS; SSP-PALLIDUM; TPRK GENE; SYPHILIS TREPONEMES
Štítky EL OK
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Ing. Mgr. Věra Pospíšilíková, učo 9005. Změněno: 5. 1. 2016 13:45.
Anotace
BACKGROUND: Pathogenic uncultivable treponemes comprise human and animal pathogens including agents of syphilis, yaws, bejel, pinta, and venereal spirochetosis in rabbits and hares. A set of 10 treponemal genome sequences including those of 4 Treponema pallidum ssp. pallidum (TPA) strains (Nichols, DAL-1, Mexico A, SS14), 4 T. p. ssp. pertenue (TPE) strains (CDC-2, Gauthier, Samoa D, Fribourg-Blanc), 1 T. p. ssp. endemicum (TEN) strain (Bosnia A) and one strain (Cuniculi A) of Treponema paraluisleporidarum ecovar Cuniculus (TPLC) were examined with respect to the presence of nucleotide intrastrain heterogeneous sites. METHODOLOGY/PRINCIPAL FINDINGS: The number of identified intrastrain heterogeneous sites in individual genomes ranged between 0 and 7. Altogether, 23 intrastrain heterogeneous sites (in 17 genes) were found in 5 out of 10 investigated treponemal genomes including TPA strains Nichols (n = 5), DAL-1 (n = 4), and SS14 (n = 7), TPE strain Samoa D (n = 1), and TEN strain Bosnia A (n = 5). Although only one heterogeneous site was identified among 4 tested TPE strains, 16 such sites were identified among 4 TPA strains. Heterogeneous sites were mostly strain-specific and were identified in four tpr genes (tprC, GI, I, K), in genes involved in bacterial motility and chemotaxis (fliI, cheC-fliY), in genes involved in cell structure (murC), translation (prfA), general and DNA metabolism (putative SAM dependent methyltransferase, topA), and in seven hypothetical genes. CONCLUSIONS/SIGNIFICANCE: Heterogeneous sites likely represent both the selection of adaptive changes during infection of the host as well as an ongoing diversifying evolutionary process.
Návaznosti
EE2.3.30.0009, projekt VaVNázev: Zaměstnáním čerstvých absolventů doktorského studia k vědecké excelenci
GAP302/12/0574, projekt VaVNázev: Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
GP14-29596P, projekt VaVNázev: Genomová variabilita treponem během experimentální infekce
Investor: Grantová agentura ČR, Postdoktorské projekty
NT11159, projekt VaVNázev: Mapování výskytu makrolidové rezistence původce syfilis v ČR a molekulární typizace jednotlivých syfilitických kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Resortní program výzkumu a vývoje - MZ III. na léta 2010 - 2015 (IGA)
VytisknoutZobrazeno: 11. 12. 2019 18:44