a 2015

DNA Heptamers with Different Central Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral Methods

PILAŘOVÁ, Iveta a Libuše TRNKOVÁ

Základní údaje

Originální název

DNA Heptamers with Different Central Trinucleotide Sequences Studied by Electrochemical and Spectral Methods

Autoři

Vydání

66th Annual Meeting of the International Society of Electrochemistry, 2015

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10403 Physical chemistry

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

Klíčová slova česky

DNA heptamery; trinukleotidová sekvence; cyklická voltametrie; eliminační voltametrická procedura; CD a UV spektra

Klíčová slova anglicky

DNA heptamers; trinucleotide sequence; cyclic voltammetry; elimination voltammetric procedure; CD and UV spectra
Změněno: 27. 11. 2015 16:43, RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D.

Anotace

V originále

Monitoring the relationship between a structure and the corresponding electrochemical response is very important not only from the aspect of the knowledge of dynamic structural changes to the charged interface (electrode surface, membrane, surface of the gel), but also in terms of proper evaluation of the electrochemical signals for potential biosensors. This relationship was studied for the case of short DNA fragments, the heptamer d(GCGaagc) with its analogs carrying different trinucleotide sequences in the center of the molecule (XXX = AAA, CCC, GGG or TTT) and hexamers of d(GCGAGC) type with different dinucleotide sequences. All fragments were investigated by spectral and electrochemical methods (cyclic and linear sweep voltammetry polyacrylamide gel electrophoresis). For deeper understanding of DNA heptamers and hexamers behavior on the electrode surface (mercury and carbon) the elimination voltammetric procedure (EVP) for reduction and oxidation responses was used. The EVP indicated strong adsorption of reduced form of guanine on a mercury electrode (readable peak-counterpeak signal). Our results showed that (i) the central triplet GAA or AAA dramatically stabilizes DNA heptamers, (ii) a stem-loop configuration is not supported by CCC or TTT sequences, instead, these heptamers adopt bimolecular duplex forms, and finally (iii) in the case of GGG sequence a very stable supramolecular G-quadruplex is formed. Int he enxt experiments, we compared DNA and RNA fragments. DNA heptamers and hexamers provided double oxidation peaks (GI and GII) while RNA analogs provide only a single G peak. Based on this fact, DNA or RNA fragments can be quickly and inexpensively distinguished.

Návaznosti

CZ.1.05/1.1.00/02.0068, interní kód MU
Název: CEITEC - středoevropský technologický institut (Akronym: CEITEC)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CEITEC - středoevropský technologický institut, 1.1 Evropská centra excelence
LH13053, projekt VaV
Název: Chemická a elektrochemická analýza purinových derivátů a jejich komplexů s mědí (Akronym: CECAP)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Chemická a elektrochemická analýza purinových derivátů
MUNI/A/0972/2013, interní kód MU
Název: Vývoj metod a instrumentace pro analýzu biologicky významných látek 2014 (Akronym: MIAB)
Investor: Masarykova univerzita, Vývoj metod a instrumentace pro analýzu biologicky významných látek 2014, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty