VÍCHA, Jan, Martin BABINSKÝ, Gabriel DEMO, Olga OTRUSINOVÁ, Séverine JANSEN, Blanka PEKÁROVÁ, Lukáš ŽÍDEK a Markéta MUNZAROVÁ. The influence of Mg2+ coordination on 13C and 15N chemical shifts in CKI1RD protein domain from experiment and molecular dynamics/density functional theory calculations. Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. roč. 84, č. 5, s. 686-699. ISSN 0887-3585. doi:10.1002/prot.25019. 2016.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název The influence of Mg2+ coordination on 13C and 15N chemical shifts in CKI1RD protein domain from experiment and molecular dynamics/density functional theory calculations
Autoři VÍCHA, Jan (203 Česká republika, domácí), Martin BABINSKÝ (703 Slovensko, domácí), Gabriel DEMO (703 Slovensko, domácí), Olga OTRUSINOVÁ (203 Česká republika, domácí), Séverine JANSEN (250 Francie, domácí), Blanka PEKÁROVÁ (203 Česká republika, domácí), Lukáš ŽÍDEK (203 Česká republika, domácí) a Markéta MUNZAROVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, 2016, 0887-3585.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10403 Physical chemistry
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 2.289
Kód RIV RIV/00216224:14310/16:00087872
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1002/prot.25019
UT WoS 000374688500011
Klíčová slova anglicky Arabidopsis thaliana; CKI1 histidine kinase; Mg2+ coordination; NMR chemical shift; 13C; 15N; molecular dynamics; density functional theory
Štítky AKR, rivok
Změnil Změnila: Ing. Andrea Mikešková, učo 137293. Změněno: 14. 4. 2017 14:39.
Anotace
Sequence dependence of 13C and 15N chemical shifts in the receiver domain of CKI1 protein from Arabidopsis thaliana, CKI1RD, and its complexed form, CKI1RD.Mg2+, was studied by means of MD/DFT calculations. MD simulations of a 20–ns production run length were performed. Nine explicitly hydrated structures of increasing complexity were explored, up to a 40-amino-acid structure. The size of the model necessary depended on the type of nucleus, the type of amino acid and its sequence neighbors, other spatially close amino acids, and the orientation of amino acid NH groups and their surface/interior position. Using models covering a 10 and a 15 A environment of Mg2+, a semi-quantitative agreement has been obtained between experiment and theory for the V67-I73 sequence. The influence of Mg2+ binding was described better by the 15 A as compared to the 10 A model. Thirteen chemical shifts were analyzed in terms of the effect of Mg2+ insertion and geometry preparation. The effect of geometry was significant and opposite in sign to the effect of Mg2+ binding. The strongest individual effects were found for 15N of D70, S74, and V68, where the electrostatics dominated; for 13C_beta of D69 and 15N of K76, where the influences were equal, and for 13C_alpha of F72 and 13C_beta of K76, where the geometry adjustment dominated. A partial correlation between dominant geometry influence and torsion angle shifts upon the coordination has been observed.
Návaznosti
GAP305/11/0756, projekt VaVNázev: Strukturní princip specificity přenosu signálu v rostlinách: síť interakcí příjímačové domény histidinkinas u Arabidospis (Akronym: HKRD-AHP)
Investor: Grantová agentura ČR, Strukturní princip specificity přenosu signálu v rostlinách: síť interakcí příjímačové domény histidinkinas u Arabidospis
VytisknoutZobrazeno: 28. 3. 2024 19:00