Informační systém Masarykovy univerzity 

High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study

česky | in English

DEMKO, Martin, Nikola BENEŠ, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study. In Ezio Bartocci et al.. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016. LNBI 9859. Neuveden: Springer International Publishing, 2016. s. 82-97, 16 s. ISBN 978-3-319-45176-3. doi:10.1007/978-3-319-45177-0_6.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study
Autoři DEMKO, Martin (703 Slovensko, domácí), Nikola BENEŠ (203 Česká republika, domácí), Luboš BRIM (703 Slovensko, domácí), Samuel PASTVA (703 Slovensko, domácí) a David ŠAFRÁNEK (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání LNBI 9859. Neuveden, Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016. od s. 82-97, 16 s. 2016.
Nakladatel Springer International Publishing
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek ve sborníku
Obor Informatika
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
Impakt faktor Impact factor: 0.402 v roce 2005
Kód RIV RIV/00216224:14330/16:00088099
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-3-319-45176-3
ISSN 0302-9743
Doi http://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-45177-0_6
Klíčová slova anglicky model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2017 06:46.
Anotace
Complex behaviour arising in biological systems is described by highly parameterised dynamical models. Most of the parameters are mutually dependent and therefore it is hard and computationally demanding to find admissible parameter values with respect to hypothesised constraints and wet-lab measurements. Recently, we have developed several high-performance techniques for parameter synthesis that are based on parallel coloured model checking. These methods allow to obtain parameter values that guarantee satisfaction of a given set of dynamical properties and parameter constraints. In this paper, we review the applicability of our techniques in the context of biological systems. In particular, we provide an extended analysis of a genetic switch controlling the regulation in mammalian cell cycle phase transition and a synthetic pathway for biodegradation of a toxic pollutant in E. coli.
Návaznosti
GA15-11089S, projekt VaVNázev: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
LM2015055, projekt VaVNázev: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Velké infrastruktury pro výzkum, vývoj a inovace
MUNI/A/0945/2015, interní kód MUNázev: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V.
Investor: Masarykova univerzita, Grantová agentura MU, Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 20. 9. 2017 23:40

Relevantní odkazy 


Nahoru | Aktuální datum a čas: 20. 9. 2017 23:40, 38. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému