BÁRTA, Tomáš, Lucie PEŠKOVÁ a Aleš HAMPL. miRNAsong: a web-based tool for generation and testing of miRNA sponge constructs in silico. Scientific Reports. London: Nature Publishing Group, 2016, roč. 6, "neuvedeno", s. 1-8. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/srep36625.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název miRNAsong: a web-based tool for generation and testing of miRNA sponge constructs in silico
Autoři BÁRTA, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí), Lucie PEŠKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Aleš HAMPL (203 Česká republika, domácí).
Vydání Scientific Reports, London, Nature Publishing Group, 2016, 2045-2322.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor Genetika a molekulární biologie
Stát vydavatele Velká Británie a Severní Irsko
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 4.259
Kód RIV RIV/00216224:14110/16:00088493
Organizační jednotka Lékařská fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1038/srep36625
UT WoS 000388072000001
Klíčová slova anglicky MICRORNA TARGET RECOGNITION; EMBRYONIC STEM-CELLS; CUMATE GENE-SWITCH; MAMMALIAN-CELLS; C-MYC; LENTIVIRAL VECTORS; MIR-145; CANCER; EXPRESSION; PREDICTION
Štítky EL OK
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Ing. Mgr. Věra Pospíšilíková, učo 9005. Změněno: 2. 1. 2017 09:35.
Anotace
MicroRNA (miRNA) sponges are RNA transcripts containing multiple high-affinity binding sites that associate with and sequester specific miRNAs to prevent them from interacting with their target messenger (m) RNAs. Due to the high specificity of miRNA sponges and strong inhibition of target miRNAs, these molecules have become increasingly applied in miRNA loss-of-function studies. However, improperly designed sponge constructs may sequester off-target miRNAs; thus, it has become increasingly important to develop a tool for miRNA sponge construct design and testing. In this study, we introduce microRNA sponge generator and tester (miRNAsong), a freely available web-based tool for generation and in silico testing of miRNA sponges. This tool generates miRNA sponge constructs for specific miRNAs and miRNA families/clusters and tests them for potential binding to miRNAs in selected organisms. Currently, miRNAsong allows for testing of sponge constructs in 219 species covering 35,828 miRNA sequences. Furthermore, we also provide an example, supplemented with experimental data, of how to use this tool. Using miRNAsong, we designed and tested a sponge for miR-145 inhibition, and cloned the sequence into an inducible lentiviral vector. We found that established cell lines expressing miR-145 sponge strongly inhibited miR-145, thus demonstrating the usability of miRNAsong tool for sponge generation.
Návaznosti
GJ16-24004Y, projekt VaVNázev: Indukce buněčné plasticity prostřednictvím modulace mikroRNA molekul: Nový přístup pro přeprogramování buněk
Investor: Grantová agentura ČR, Indukce buněčné plasticity prostřednictvím modulace mikroRNA molekul: Nový přístup pro přeprogramování buněk
MUNI/A/1352/2015, interní kód MUNázev: Zdroje pro tkáňové inženýrství 6 (Akronym: TissueENG 6)
Investor: Masarykova univerzita, Zdroje pro tkáňové inženýrství 6, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 9. 2024 06:14