a 2017

Quo Vadis, Biomacromolecular Structure Quality

SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka; Vladimír HORSKÝ; David SEHNAL; Veronika BENDOVÁ; Lukáš PRAVDA et. al.

Základní údaje

Originální název

Quo Vadis, Biomacromolecular Structure Quality

Vydání

Biophysical Society 61st Annual Meeting, New Orleans, Louisiana, 2017

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Konferenční abstrakt

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISSN

UT WoS

000402375600712

Klíčová slova anglicky

ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient

Příznaky

Mezinárodní význam
Změněno: 30. 6. 2020 11:22, Mgr. Marie Novosadová Šípková, DiS.

Anotace

V originále

Missing answers to key questions of biomacromolecular complex structure quality motivated us to focus on an analysis of the current state of data quality and validation trends. Among others, we paid a special attention to ligand validation criteria as they are the most sensitive and interesting part of validation outputs. Our research has been based on validation data from our validation database ValidatorDB (http://ncbr.muni.cz/ValidatorDB) and PDB validation reports. Furthermore, we have compiled all these validation information into the ValTrendsDB dataabse. While certain discovered trends are very positive (e.g., clashscore markedly decreases with the year of structure publication), others are alarming (e.g., ligand quality stagnates with the year of structure publication).

Návaznosti

MUNI/A/1194/2016, interní kód MU
Název: Statistické a deterministické modelování (Akronym: StaDeMo)
Investor: Masarykova univerzita, Statistické a deterministické modelování, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty