HON, Jiří, Matej LEXA, Tomáš MARTÍNEK a Jaroslav ZENDULKA. pqsfinder: identification of potential quadruplex forming sequences. 2017. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.18129/B9.bioc.pqsfinder.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název pqsfinder: identification of potential quadruplex forming sequences
Název česky pqsfinder: R/Bioconductor balíček pro identifikaci sekvencí tvořících kvadruplexy
Autoři HON, Jiří (203 Česká republika), Matej LEXA (703 Slovensko, domácí), Tomáš MARTÍNEK (203 Česká republika) a Jaroslav ZENDULKA (203 Česká republika).
Vydání 2017.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Software
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW pqsfinder: Identification of potential quadruplex forming sequences
Kód RIV RIV/00216224:14330/17:00094706
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.18129/B9.bioc.pqsfinder
Klíčová slova česky G-kvadruplex; kvadruplex; DNA; R; Bioconductor; rozpoznávání vzorů; vyhledávání; anotace
Klíčová slova anglicky G-quadruplex; quadruplex; DNA; R; Bioconductor; pattern matching; searching; annotation
Technické parametry Součást prostředí R-Bioconductor
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298. Změněno: 6. 11. 2017 22:43.
Anotace
The main functionality of the this package is to detect DNA sequence patterns that are likely to fold into an intramolecular G-quadruplex (G4). Unlike many other approaches, this package is able to detect sequences responsible for G4s folded from imperfect G-runs containing bulges or mismatches and as such is more sensitive than competing algorithms.
Návaznosti
GA15-02891S, projekt VaVNázev: Rostlinné transpozony a konformace DNA
Investor: Grantová agentura ČR, Rostlinné transpozony a konformace DNA
VytisknoutZobrazeno: 20. 9. 2024 00:24