Biomacromolecular structure quality – improvement or stagnation?

HORSKÝ, Vladimír; Veronika BENDOVÁ; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Biomacromolecular structure quality – improvement or stagnation? In CEITEC PhD Retreat II. 2017. ISBN 978-80-210-8551-0.

Základní údaje

Originální název

Biomacromolecular structure quality – improvement or stagnation?

Autoři

HORSKÝ, Vladimír; Veronika BENDOVÁ; Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA

Vydání

CEITEC PhD Retreat II, 2017

---

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Prezentace na konferencích

Obor

10608 Biochemistry and molecular biology

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

ISBN

978-80-210-8551-0

Klíčová slova anglicky

ValTrendsDB; ValidatorDB; biomacromolecule structure quality; ligand quality; X-ray crystallography; Protein Data Bank; Validation Report; trends; interval analysis; Spearman coefficient

---

Anotace

V originále

We have performed wide scale analysis of trends in quality and size of biomacromolecules and their ligands. 70 diverse factors have been considered. Information about structures and their quality have been obtained from the Protein Data Bank, while the state of ligand quality has been sourced by our database ValidatorDB. Existence of some discovered trends was expected (e.g., newer structures have better quality). Other trends surprised us (e.g., ligand quality is stagnant at best, currently utilised structure validation methods do not validate ligands well). Discovered trends are openly available in the ValTrendsDB database.

---

Návaznosti

MUNI/A/1194/2016, interní kód MU

Název: Statistické a deterministické modelování (Akronym: StaDeMo) Investor: Masarykova univerzita, Statistické a deterministické modelování, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty