BREZOVSKÝ, Jan, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Analysis of Protein Tunnels and Channels. In Bornscheuer U., Höhne M. Protein Engineering. Methods in Molecular Biology. New York, NY: Humana Press, 2018. s. 25-42. 1685. ISBN 978-1-4939-7364-4. doi:10.1007/978-1-4939-7366-8_3.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Computational Analysis of Protein Tunnels and Channels
Autoři BREZOVSKÝ, Jan (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání New York, NY, Protein Engineering. Methods in Molecular Biology, od s. 25-42, 18 s. 1685, 2018.
Nakladatel Humana Press
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Kapitola resp. kapitoly v odborné knize
Obor 20400 2.4 Chemical engineering
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
Kód RIV RIV/00216224:14310/18:00102092
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
ISBN 978-1-4939-7364-4
Doi http://dx.doi.org/10.1007/978-1-4939-7366-8_3
UT WoS 000684272200004
Klíčová slova anglicky Binding;Protein;Tunnel;Channel;Gate;Rational design;Software;CAVER;Transport
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 10. 2021 13:30.
Anotace
Protein tunnels connecting the functional buried cavities with bulk solvent and protein channels, enabling the transport through biological membranes, represent the structural features that govern the exchange rates of ligands, ions, and water solvent. Tunnels and channels are present in a vast number of known proteins and provide control over their function. Modification of these structural features by protein engineering frequently provides proteins with improved properties. Here we present a detailed computational protocol employing the CAVER software that is applicable for: (1) the analysis of tunnels and channels in protein structures, and (2) the selection of hot-spot residues in tunnels or channels that can be mutagenized for improved activity, specificity, enantioselectivity, or stability.
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 10:38