k 2015

Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes

TROJÁK, Matej; David ŠAFRÁNEK; Matej KLEMENT; Tadeáš DĚD; Jan ČERVENÝ et al.

Základní údaje

Originální název

Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes

Autoři

Vydání

Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science, 2015

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Prezentace na konferencích

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Česká republika

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

Označené pro přenos do RIV

Ne

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

Klíčová slova anglicky

formal specification; biological systems; systems biology; rule-based language

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 24. 11. 2017 14:13, RNDr. Matej Troják, Ph.D.

Anotace

V originále

Biochemical Space (BCS) is a novel framework for practical description of complex biological processes. It is developed as a part of Comprehensive Modelling Platform (CMP) – a web-based platform for modelling and analysis of biological processes. In the context of CMP, Biochemical Space glues together complicated quantitative models with an easy-to- understand, yet formal and compact qualitative description. BCS allows to specify formal and well-annotated reaction networks of chemical entities and elemental reactions onto which the mathematical models are projected. BCS is supported by a Biochemical Space Language (BCSL) that combines state-of-the-art rule-based techniques with meta-data formats devel- oped in well-known annotation databases.

Návaznosti

GA15-11089S, projekt VaV
Název: Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů
Investor: Grantová agentura ČR, Získávání parametrů biologických modelů pomocí techniky ověřování modelů
LM2015055, projekt VaV
Název: Centrum pro systémovou biologii (Akronym: C4SYS)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, The national infrastructure C4SYS - Centre for Systems Biology
MUNI/A/0945/2015, interní kód MU
Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V.
Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace V., DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty