An objective comparison of cell-tracking algorithms

J 2017

An objective comparison of cell-tracking algorithms

ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD et. al.

Základní údaje

Originální název

An objective comparison of cell-tracking algorithms

Název česky

Objektivní porovnání algoritmů pro sledování buněk

Autoři

ULMAN, Vladimír (203 Česká republika, garant, domácí), Martin MAŠKA (203 Česká republika, domácí), Klas E G MAGNUSSON (752 Švédsko), Olaf RONNEBERGER (276 Německo), Carsten HAUBOLD (276 Německo), Nathalie HARDER (276 Německo), Pavel MATULA (203 Česká republika, domácí), Petr MATULA (203 Česká republika, domácí), David SVOBODA (203 Česká republika, domácí), Miroslav RADOJEVIC (528 Nizozemské království), Ihor SMAL (528 Nizozemské království), Karl ROHR (276 Německo), Joakim JALDÉN (752 Švédsko), Helen M BLAU (752 Švédsko), Oleh DZYUBACHYK (528 Nizozemské království), Boudewijn LELIEVELDT (528 Nizozemské království), Pengdong XIAO (156 Čína), Yuexiang LI (156 Čína), Siu-Yeung CHO (156 Čína), Alexandre C DUFOUR (250 Francie), Jean-Christophe OLIVO-MARIN (250 Francie), Constantino C REYES-ALDASORO (724 Španělsko), Jose A SOLIS-LEMUS (724 Španělsko), Robert BENSCH (276 Německo), Thomas BROX (276 Německo), Johannes STEGMAIER (276 Německo), Ralf MIKUT (276 Německo), Steffen WOLF (276 Německo), Fred A HAMPRECHT (276 Německo), Tiago ESTEVES (620 Portugalsko), Pedro QUELHAS (620 Portugalsko), Ömer DEMIREL (756 Švýcarsko), Lars MALMSTRÖM (752 Švédsko), Florian JUG (276 Německo), Pavel TOMANCAK (276 Německo), Erik MEIJERING (528 Nizozemské království), Arrate MUÑOZ-BARRUTIA (724 Španělsko), Michal KOZUBEK (203 Česká republika, domácí) a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO (724 Španělsko)

Vydání

Nature Methods, Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, 1548-7091

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10201 Computer sciences, information science, bioinformatics

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Odkazy

URL

Impakt faktor

Impact factor: 26.919

Kód RIV

RIV/00216224:14330/17:00095272

Organizační jednotka

Fakulta informatiky

DOI

http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473

UT WoS

000416604800015

Klíčová slova česky

Pohyb buněk; Zpracování obrazu

Klíčová slova anglicky

Cell migration; Image processing

Štítky

CBIA, cbia-web

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno

Změněno: 9. 2. 2022 09:15, doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

We present a combined report on the results of three editions of the Cell Tracking Challenge, an ongoing initiative aimed at promoting the development and objective evaluation of cell tracking algorithms. We analyze the results using performance measures for segmentation and tracking that rank all participating methods. We also analyze the performance of all algorithms in terms of biological measures and their practical usability.

Česky

Článek prezentuje zprávu zahrnující výsledky tří vydání Cell Tracking Challenge, pokračující iniciativě zaměřené na rozvoj a objektivní porovnávání algoritmů sledování buněk. Článek analyzuje výsledky detekování a sledování buněk pomocí několika výkonnostních metrik a na základě toho vypočítává pořadí hodnocených metod. Článek dále analyzuje výkonnosti těchto algoritmů na základě tzv. biologicky inspirovaných metric a také na základě jejich praktické užitnosti.

Návaznosti

GBP302/12/G157, projekt VaV

Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii

Investor: Grantová agentura ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu a při diferenciaci v normě a patologii

LTC17016, projekt VaV

Název: Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Benchmarking algoritmů segmentace a sledování buněk, INTER-COST

Citovat

ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD, Nathalie HARDER, Pavel MATULA, Petr MATULA, David SVOBODA, Miroslav RADOJEVIC, Ihor SMAL, Karl ROHR, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Boudewijn LELIEVELDT, Pengdong XIAO, Yuexiang LI, Siu-Yeung CHO, Alexandre C DUFOUR, Jean-Christophe OLIVO-MARIN, Constantino C REYES-ALDASORO, Jose A SOLIS-LEMUS, Robert BENSCH, Thomas BROX, Johannes STEGMAIER, Ralf MIKUT, Steffen WOLF, Fred A HAMPRECHT, Tiago ESTEVES, Pedro QUELHAS, Ömer DEMIREL, Lars MALMSTRÖM, Florian JUG, Pavel TOMANCAK, Erik MEIJERING, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. An objective comparison of cell-tracking algorithms. Nature Methods. Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, roč. 14, č. 12, s. 1141-1152. ISSN 1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473.

@article{1399989,
   author = {Ulman, Vladimír and Maška, Martin and Magnusson, Klas E G and Ronneberger, Olaf and Haubold, Carsten and Harder, Nathalie and Matula, Pavel and Matula, Petr and Svoboda, David and Radojevic, Miroslav and Smal, Ihor and Rohr, Karl and Jaldén, Joakim and Blau, Helen M and Dzyubachyk, Oleh and Lelieveldt, Boudewijn and Xiao, Pengdong and Li, Yuexiang and Cho, SiuandYeung and Dufour, Alexandre C and OlivoandMarin, JeanandChristophe and ReyesandAldasoro, Constantino C and SolisandLemus, Jose A and Bensch, Robert and Brox, Thomas and Stegmaier, Johannes and Mikut, Ralf and Wolf, Steffen and Hamprecht, Fred A and Esteves, Tiago and Quelhas, Pedro and Demirel, Ömer and Malmström, Lars and Jug, Florian and Tomancak, Pavel and Meijering, Erik and MuñozandBarrutia, Arrate and Kozubek, Michal and OrtizanddeandSolorzano, Carlos},
   article_number = {12},
   doi = {http://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473},
   keywords = {Cell migration; Image processing},
   language = {eng},
   issn = {1548-7091},
   journal = {Nature Methods},
   title = {An objective comparison of cell-tracking algorithms},
   url = {https://www.nature.com/articles/nmeth.4473},
   volume = {14},
   year = {2017}
}

TY  - JOUR
ID  - 1399989
AU  - Ulman, Vladimír - Maška, Martin - Magnusson, Klas E G - Ronneberger, Olaf - Haubold, Carsten - Harder, Nathalie - Matula, Pavel - Matula, Petr - Svoboda, David - Radojevic, Miroslav - Smal, Ihor - Rohr, Karl - Jaldén, Joakim - Blau, Helen M - Dzyubachyk, Oleh - Lelieveldt, Boudewijn - Xiao, Pengdong - Li, Yuexiang - Cho, Siu-Yeung - Dufour, Alexandre C - Olivo-Marin, Jean-Christophe - Reyes-Aldasoro, Constantino C - Solis-Lemus, Jose A - Bensch, Robert - Brox, Thomas - Stegmaier, Johannes - Mikut, Ralf - Wolf, Steffen - Hamprecht, Fred A - Esteves, Tiago - Quelhas, Pedro - Demirel, Ömer - Malmström, Lars - Jug, Florian - Tomancak, Pavel - Meijering, Erik - Muñoz-Barrutia, Arrate - Kozubek, Michal - Ortiz-de-Solorzano, Carlos
PY  - 2017
TI  - An objective comparison of cell-tracking algorithms
JF  - Nature Methods
VL  - 14
IS  - 12
SP  - 1141-1152
EP  - 1141-1152
PB  - Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature
SN  - 15487091
KW  - Cell migration
KW  - Image processing
UR  - https://www.nature.com/articles/nmeth.4473
L2  - https://www.nature.com/articles/nmeth.4473
N2  - We present a combined report on the results of three editions of the Cell Tracking Challenge, an ongoing initiative aimed at promoting the development and objective evaluation of cell tracking algorithms. We analyze the results using performance measures for segmentation and tracking that rank all participating methods. We also analyze the performance of all algorithms in terms of biological measures and their practical usability.
ER  -

ULMAN, Vladimír, Martin MAŠKA, Klas E G MAGNUSSON, Olaf RONNEBERGER, Carsten HAUBOLD, Nathalie HARDER, Pavel MATULA, Petr MATULA, David SVOBODA, Miroslav RADOJEVIC, Ihor SMAL, Karl ROHR, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Boudewijn LELIEVELDT, Pengdong XIAO, Yuexiang LI, Siu-Yeung CHO, Alexandre C DUFOUR, Jean-Christophe OLIVO-MARIN, Constantino C REYES-ALDASORO, Jose A SOLIS-LEMUS, Robert BENSCH, Thomas BROX, Johannes STEGMAIER, Ralf MIKUT, Steffen WOLF, Fred A HAMPRECHT, Tiago ESTEVES, Pedro QUELHAS, Ömer DEMIREL, Lars MALMSTRÖM, Florian JUG, Pavel TOMANCAK, Erik MEIJERING, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Michal KOZUBEK a Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. An objective comparison of cell-tracking algorithms. \textit{Nature Methods}. Macmillan Publishers Limited, part of Springer Nature, 2017, roč.~14, č.~12, s.~1141-1152. ISSN~1548-7091. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/nmeth.4473.

Podrobný výpis o publikaci